女海贼亚尔丽塔攻击了一艘客船，正在收刮财物的时候，却从一个大酒桶里面蹦出一个男孩，这个男孩全身像橡胶一样，把海贼们整得哇哇叫，他就是立志要成为海贼王的路飞。路飞遇到了被海贼强迫在船上打杂的男生克比，胆小的克比被路飞的勇气所感动，自己也鼓起了勇气反抗亚尔丽塔，最后两个人终于趁乱驾小船离开了客船。

路飞和克比为了找到索隆，来到了海军所在的小岛。见到了索隆之后，他们发现索隆并不像传说中的那么凶狠，反倒是海军统领蒙卡父子的行为比较蛮横无理，他们愚弄岛上的居民、滥杀无辜，还把无罪的索隆抓起来。于是路飞决定要让索隆当他的同伴，并且说服索隆跟他一起离开，结果却受到蒙卡父子的追杀。

面对残暴的海军大佐蒙卡的攻击，索隆终于答应加入路飞的海贼团队，于是他们联手打倒了蒙卡，也解救了基地官兵和岛上的居民。可是海军中佐基于身为海军的职责，却不得不赶他们走。为了让克比加入海军，路飞和克比打了一架，让海军以为他们不是同伙。结果克比如愿加入了海军，而路飞的海贼团队也朝着“伟大的航道”前进，展开了寻宝的旅程。

路飞头上的草帽是他的宝贝，原来那是一位名叫香克斯的海贼船长借给他的草帽。香克斯从山贼西格手中救下路飞，并且跟他约好了，在路飞成为最强悍的海贼之后，必须把草帽还给他。路飞和索隆的船在海上漂流，为了抓小鸟充饥，路飞反被大鸟抓走，而索隆为了救几个落难的海贼，竟然没有救到路飞。幸好路飞自己“飞到”海贼“小丑巴基”船长的地盘上去了。

索隆让巴基尝了自己的特制巴基炮弹之后，身受重伤的他还是不支倒地。巴基派出了驯兽师摩奇来对付他们，摩奇指挥狮子来攻击路飞，却被路飞打得落花流水。村长布多斯不忍心辛苦建造的村子被巴基摧毁，自己一个人去找巴基决斗。原先痛恨海贼的娜美看到索隆和路飞的友谊和正义感，觉得非常困惑，却也渐渐改变了对他们的看法，终于答应跟他们合作，担任航海士。

为了帮助村长保卫村子，路飞和索隆又去找巴基船长。这回是耍剑的杂技卡巴吉出来应战，身受重伤的索隆为了大剑客的名誉，只好负伤出来迎战。卑鄙的卡巴吉故意攻击索隆的伤口，不过最后还是败在索隆的剑下。而巴基船长弄坏了路飞的草帽，激怒了路飞。

巴基说出了他跟香克斯的一段恩怨，原来他们曾经是同一艘海贼船上的海贼见习生，因为香克斯让巴基不小心吞下了恶魔果实，永远不能游泳而失去了当海贼的资格，因此巴基非常痛恨香克斯。路飞和娜美联手，破解了巴基的四分五裂功，瓦解了巴基海贼团的势力，把村子还给了村长和村民们。

为了补充人员和物资，路飞他们来到了一个小岛，结果在岛上遇见了爱吹牛的乌索普。原来乌索普就是香克斯船上耶稣布的儿子，他自称是乌索普海贼团的首领，手下有青椒头、红萝卜头和洋葱头三个部下。但是因为他爱吹牛，村子里的人都讨厌他。为了得到大船，路飞他们来到村子里最有钱的人家，也就是乌索普的好朋友，可雅小姐的大宅邸。

路飞一伙人闯入可雅家，想跟他们要一艘大船，却被管家克拉巴特尔赶了出来。乌索普的三个部下和娜美在路上遇到一个怪人，怪人自称是催眠师赞高，让他们全都睡着了。路飞和乌索普发现克拉巴特尔管家居然就是最有智谋的海贼克洛船长，他和赞高里应外合，计划要攻击这个村子，并且杀害可雅小姐，夺取庞大的财产。

乌索普得知克拉巴特尔要跟海贼里应外合攻击村子、杀害可雅的事情，急忙去告诉村民们，结果村民们根本不相信他的话，连可雅也觉得乌索普是怨恨克拉巴特尔，才编出了这个谎话。伤心之余，乌索普决定自己去对付那些海贼，保卫他最喜欢的这个村子。而摔落山崖的路飞并没有死，他只是睡了一觉被娜美和索隆叫醒。听了乌索普的决定，他们决定要帮助他对付海贼团，保护这个村子和可雅小姐。

路飞他们要跟乌索普联手保护村民的安全，为了阻止海贼进攻村子，他们防守在坡道上，没想到乌索普居然搞错了方向，海贼是从另一边的海岸登陆的，大家急忙赶到北边的坡道，路飞和索隆却迷路了，而娜美急着保护她的财宝，跟乌索普在海贼面前争执不休，搞得海贼们一头雾水。就在千钧一发之际，路飞和索隆终于赶到了。

路飞和索隆终于赶到北边的坡道，为了通过坡道赞高以催眠术让部下变得很强悍，结果连路飞也被催眠，于是威力大增，把海贼们打得几乎全军覆没。赞高即时让路飞睡着，并且派出最后王牌猫人兄弟对付索隆，索隆的刀被他们偷走，只剩下一把刀眼看就快要招架不住了，于是娜美想去帮他把刀找回来，却被赞高杀伤。这时候，等不到部下们的克洛船长出现了，显得非常愤怒。

克洛船长因为赞高没有准时进攻村子而大怒，他要求他们在五分钟之内把索隆他们解决掉，否则就要把大家通通杀光。幸好娜美即时把刀还给了索隆，让索隆展现实力解决了猫人兄弟。这时候可雅突然出现，拿枪指着克拉巴特尔，结果还是被他把枪抢了过去。就在最后的紧要关头，一直处于睡眠状态的路飞终于复活了。

为了保护可雅，乌索普命令青椒头等三个部下带着可雅逃到树林里去，克洛船长也派赞高去抓他们，为了阻止他们前进，乌索普奋不顾身的抵抗。克洛船长听到部下叫他的名字，非常生气，他说出了找替身让世人以为克洛船长已经被处死的一段往事，并要求部下们不要再叫他克洛船长了。

青椒头等三个孩子带着可雅逃到森林里去，可雅因为太劳累竟然发起了高烧。赞高紧追不舍，孩子们虽然害怕，最后还是决定遵照船长的命令，誓死保护可雅。而可雅为了不连累他们，答应写下遗书。另外，克洛为了保住自己还活着的秘密，竟然想把手下们通通杀光，让路飞大为火光。

眼看着克洛船长居然把自己的部下杀光，让路飞大为火光，于是大发雷霆解决了克洛船长，而乌索普和索隆也在最危急的关头，从赞高手中救出可雅小姐。为了感谢他们让村子免于遭受海贼的攻击，可雅小姐送给他们一艘大船，决定要出海航行的乌索普成为了他们的新同伴，一起搭乘“黄金梅丽号”出海航行。

路飞他们来到一座传说中有宝藏的小岛，但是据说接近小岛的人都会受到神明的处罚。登陆之后，他们听到一个自称是神明的声音，警告他们不要继续前进。后来才发现那是一个被卡在箱子里面出不来的人，名叫卡蒙。他为了保护他所发现的五箱宝藏，甘愿被卡在箱子里面二十年。经过路飞确认之后发现，五个箱子根本是空的，卡蒙虽然很失望，却不愿意离开小岛，想继续留下来保护那些跟他相处了二十年的珍禽异兽。

索隆回想往事，他小时候在古伊娜的父亲所开设的道场学习剑法，虽然进步神速，却始终打不赢古伊娜。于是他和强敌古伊娜约定，将来他们其中一个人一定要变成世界第一的大剑豪。没想到不久之后古伊娜发生意外死掉了，伤心的索隆向古伊娜的父亲要了古伊娜的剑，发誓要变成世界第一的剑豪，替古伊娜完成心愿。

路飞他们遇到了索隆的同行，抓海贼领赏金的强尼和约瑟夫。约瑟夫病得很严重，大家都束手无策，只有娜美看出他是得了败血症，并且用莱姆治好了他的病。因此为了在航海旅程上得到均衡的营养，路飞决定要找一位厨师。于是强尼带他们来到海上餐厅，路飞却因为弄坏餐厅而被大厨抓了起来。而在餐厅里耀武扬威的海军大尉霍波迪，却被大厨副手山治修理了一顿。

海上餐厅“巴拉蒂”的老板原先是海贼，他手下的厨师们也都凶狠好斗。不过也因为如此，才能阻止海贼来餐厅白吃白喝。阿金是最凶恶的克利克海贼团的成员，他虽然饿个半死，但是遇到不愿意招待海贼吃饭的厨师派迪，不但没有饭吃还被打了一顿。而山治却只把他当成一个肚子饿的人，送饭给他吃。路飞看到，决定请他加入海贼团，但是山治却不答应，然而阿金回到海贼船之后居然提出说要带路到海上餐厅来。

拥有五十艘海贼舰队的提督克利克出现在海上餐厅，他说他已经快饿死了，要求一些食物和水。所有的人都反对，只有山治拿食物给他吃，吃饱之后他果然翻脸要霸占海上餐厅，并且要求准备一百人的食物给他的部下吃，山治要去厨房准备食物，却被其他厨师抓住了，结果哲普竟然自己拿出食物给克利克。

克利克认出哲普就是大海贼红脚哲普，他的脚是强力的杀人武器，现在却因为海难意外失去了一只脚，因此变成厨师经营海上餐厅。众人从阿金口中得知他们在伟大的航路碰到了一个神秘的男人，他竟独力打败了五十艘海贼船，克利克打算让部下们吃饱之后就进攻海上餐厅，将这艘船据为己有，厨师们也不甘示弱，誓死捍卫他们的餐厅。就在双方人马正要开打的时候，想不到传说中的鹰眼男子突然出现，将克利克的大船一刀砍成两段。

世界第一的剑士鹰眼米霍克出现了，他就是索隆想要击败的对手。索隆为了实现跟古伊娜的约定，坚持要跟他决一胜负，即使被杀也不退让。索隆奋力出击，但是却丝毫动不了米霍克一根汗毛，索隆一心一意的坚持震撼了米霍克，就在最后一剑时为他留下了退路，米霍克欣赏索隆的毅力，决定放他一条生路，要等他变得更强之后再来挑战。而娜美却趁乱驾着黄金梅丽号逃走了，路飞急着要乌索普驾小船去把她追回来。

提督克利克想占领海上餐厅巴拉蒂号，厨师们誓死保卫这家餐厅。山治为了保护餐厅击退敌人，终于展现出了厉害的踢技，克利克派出了所向无敌的铁壁盾牌人巴拉，他号称从来不曾因为战斗而受伤，却被路飞不小心踢到而流鼻血。生气的巴拉全身冒火，几乎要把餐厅烧掉，于是哲普发威用飞腿的旋风熄灭了火焰，解除了危机。

阿金用枪抵着哲普，要大家离开巴拉蒂，山治竟然甘愿冒生命危险保护餐厅和哲普，大家都很惊讶。原来哲普的脚就是为了救山治而弄断的，他们两个人因为曾经一起在荒岛上几乎饿死，所以从荒岛获救之后就按照哲普的心愿开了一家海上餐厅，希望不再有人饿死在海上。所以这家餐厅是哲普的宝贝，山治誓死要保卫它。

阿金挟持着哲普让山治出不了手，但就在巴拉发动攻击时，阿金突然站出来说他要自己对付山治，身为海贼团总队长的他果然是毫不留情的对山治展开攻击了，但就在最后一刻他突然说下不了手，原来山治的恩情让他不忍下手，发怒的克利克首领居然要用毒气弹来对付所有人。

狠心的克利克居然真的用毒气弹对付对他忠心耿耿的阿金，而阿金为了保护山治和路飞将面罩丢给他们两个用，而自己身中剧毒。

面对路飞一再积极的攻击，克利克终于也使出了最大的本领，但是他虽然有精良的武器还是被路飞给打败了，山治和阿金看到路飞毫无畏惧一心一意为自己目标努力的样子，才终于体会到自己应该怎么做，于是阿金扛着克利克决定重新出发再向伟大的航路挑战。

打败了克利克，路飞的打杂工作也告一段落，但是山治似乎仍未下定决心和路飞一起走，哲普看着山治谈起ALL BLUE兴奋的神情，决定用激将法将他逼走，于是大伙一起编起善意的谎言，无意间发现大家用意的山治，终于决定不辜负大家的好意要跟路飞走了。

山治也加入之后，路飞终于可以到伟大的航路去了，但在出发之前还得先去把娜美接回来，然而娜美去的地方居然是阿龙乐园，不小心被鱼人捉住的索隆看到娜美和阿龙在一起感到非常惊讶，而娜美冰冷无情的言语更是叫人不敢相信。

索隆好不容易找到娜美，想不到她居然跟阿龙是一伙的，但是当索隆自己跳海自杀时娜美却忍不住去救他，阿龙的势力逐渐威胁着娜美的故乡可可亚西村，原来娜美之所以为阿龙效命是因为她和阿龙之间协定好，让她用一亿元的代价将村子买下来。

在娜美的协助下，索隆终于逃出了阿龙乐园，但是想不到轮到乌索普被抓了，娜美夹在自己的心愿和朋友之间,她居然选择一刀刺死乌索普以示自己的忠诚，因此再次赢得阿龙的信任,路飞等人听到强尼带来乌索普死掉的消息全都愣住了。

路飞终于也抵达了阿龙乐园，但也同时听说了娜美杀死乌索普及她是阿龙海贼团一伙的事情，但是路飞仍坚信事实不是如此，果然乌索普的出现证明了这件事，当乌索普将娜美假装杀死他的事实说给大家听时，娜美的姐姐诺琪高出现希望他们能离开这里，原来娜美背负着一段沉重的过去。

八年前的可可亚西村还是个和平富庶的小村落里住着一个叛逆少女贝尔梅尔，女儿身的她甚至为维护正义加入了海军，在生命垂危之际让她重新燃起生命希望的就是诺琪高和娜美，她们一起过着不富有但快乐的日子，直到阿龙来临的这一天终于结束了快乐的生活。

阿龙海贼团入侵可可亚西村，没有足够的钱付给阿龙的贝尔梅尔，为了保护娜美和诺琪高竟然牺牲了自己，娜美年纪虽小却有自己的想法和阿龙订了约定用一亿元买下整个村子，然而就在快成功时老鼠上校来找娜美，原来他和阿龙串通好是来逮捕她并拿走她所存的财宝。

大批海军人马突然造访娜美的家，他们居然是来没收她所藏的财宝，原来海军和阿龙串通好抢走这一亿让娜美永远离开不了阿龙海贼团，这样的事实不仅让娜美大受打击，连原来早知道娜美苦衷的村民也受不了了，他们决定拼死跟阿龙决斗，不知所措的娜美终于开口向路飞求救。

在娜美终于愿意让路飞帮忙的情况下，路飞当然是义不容辞挺身而出，于是他带着索隆等人直捣阿龙乐园，面对来自伟大航路的怪物哞哞的攻击路飞使出灵感取自阿健头上风车的新招，这招的确奏效，但是也让路飞面临动弹不得的局面

路飞被阿龙丢到海里去生命垂危，索隆和山治在岸上拼命对付章鱼小八和克罗欧比，尤其是索隆身负对抗鹰眼时的重伤几乎快站不住了，然而为了路飞为了他的目标和梦想，他还是以三刀流打败了小八的六刀流，然而路飞还没获救，因为在山治解决克罗欧比之前路飞还是生死未卜。

山治为了救路飞毅然跳进海里，但却遭到克罗欧比无情的攻击，就在山治和克罗欧比缠斗时诺琪高和阿健也拼命想救活路飞，好不容易打倒了克罗欧比，没想到阿龙的力量却是超乎了他们的想像，一切就只能等待路飞了

娜美带着必死的决心来向阿龙挑战，虽然阿龙提出只要她继续待在海贼团里就不杀死村民的条件但她还是选择与大家并肩作战，这时在诺琪高和阿健的坚持下终于让路飞醒来，加上山治的一踢路飞终于重获自由，他一离开海里就马上开始对付阿龙，没想到阿龙的力量如此强大。

在众人的期待下路飞终于脱困与阿龙展开缠斗，看见自己同胞伤亡的惨状，阿龙像发了狂似地攻击但是路飞却也有办法跟他相庭对抗，愤怒的阿龙终于采取了他的鱼人本色，从海底展开的攻击行动超快速一连串的攻击逼的路飞节节败退，最后他终于被逼到一个无路可逃的小房间里。

阿龙企图永远控制娜美，还大言不惭地说娜美是他的伙伴,路飞听了他的话又看见娜美沾满血迹的笔终于真的发怒了，即使阿龙拥有强大的力量最后还是不敌路飞，于是阿龙乐园终于在大家眼前被摧毁了，娜美也终于获得真正的自由，然而路飞一行人却也得罪了老鼠上校，因此成了海军头号通缉犯。

终于重获自由的娜美，决定跟路飞们一起实现自己的梦想，所有的村人都衷心的祝福她，娜美带着灿烂的笑容踏上了她的旅程。

故事一张传单掀起来全世界的风暴，那就是海军通缉路飞的传单，许许多多路飞过去碰到的朋友，包括红发香克斯都为路飞已踏上海贼之路而欢欣鼓舞，但是有更多他的敌人跃跃欲试准备抓他， 而路飞一行人则还是一心朝伟大的航路前进。

小丑巴基为了向路飞复仇，好不容易从荒岛上逃出来，并辗转来到卡蒙和他充满珍禽异兽的岛上，虽然一开始是针锋相对但后来也成了好朋友，当巴基要离开时遇到大海怪的攻击，这时，一位美女出现救了他，并提出合作寻找路飞的建议……

巴基海贼团以为巴基船长已经死掉了，于是决定选新船长，当卡巴吉和摩奇打的死去活来时，想不到利基大掌一挥就抢到了船长的宝座，但这时岛上的熊掌族来袭，正当大家陷入苦战时巴基船长回来也恢复了原状，而他第一个目标就是路飞。

路飞一行人终于抵达了罗格镇，在这个又称开始与结束的镇的地方，海贼王罗杰的历史也在这里开始与结束，路飞一心一意想去看罗杰当时被处死的死刑台，但这个时候路飞的通缉单也传到了这里。

索隆来到罗格镇之后立刻着手采购新刀，在途中他碰到海军上士，也就是长的很像古伊娜的达斯琪，因为她的缘故索隆找到了一把人称妖刀的三代鬼彻，而本来想坑他的老板发现索隆是真正的剑客时又将他的传家之宝雪走也送给他。

乌索普在不知情的情况下竟然惹上了最强的奖金猎人达迪，在决斗时因为害怕而耍了花样，但是达迪不仅没有怪他，还将他过去曾被乌索普父亲耶稣布打败的事情告诉他鼓励他，希望他能鼓起勇气勇闯伟大的航路。