原来甄嬛和早已过逝的纯元皇后十分相像，太后不满甄嬛，故意说“甄”字犯了皇帝名讳，皇帝却被甄嬛的才貌深深吸引，力排众议，选其入宫，太后甚为忧虑。皇后前来贺喜皇帝又得佳人，皇帝封甄嬛为常在，并赐封号“莞”，取“莞尔一笑”之意。此举可见皇帝对甄嬛的重视，皇后只笑不语。甄嬛回家，喜讯早已传到甄府，甄远道带领全家下跪迎接“莞常在”。皇帝昨夜去了小产后的欣常在宫中过夜，华妃心头有气，害死了皇后派来服侍她的宫女福子，并让敬事房撤了欣常在的绿头牌。甄嬛见陵容入住客栈，便把她接到家中，陵容在甄府备受关爱，感动之余亦自怜身世。甄嬛决定带贴身侍女流朱和浣碧一同进宫，甄父迟疑再三，说出浣碧乃甄嬛同父异母的亲妹妹，只因其生母为罪臣之女而无法为之正名，甄嬛诧异。次日，宫中太监前来宣旨，定下入宫之期，并派皇帝御前的芳若姑姑指导宫廷礼仪，并简单介绍宫中的一些情况。华妃在宫中得知了选秀的情况，听说夏冬春给教引姑姑脸色看，认定其属于皇后一党，蓄意除之，又嫉妒甄嬛尚未入宫便得皇上欢心，差人专门安排她在偏远的碎玉轩居住。皇后有心帮甄嬛，但碍于华妃，一再谦让。入宫前夜，甄嬛与父母家人泪别。甄远道夫妇再三叮嘱女儿，不必刻意争宠，不可锋芒太过，尤其不可与华妃争锋。

翌日，甄嬛、陵容和眉庄同时入宫，三人被分在了不同的宫殿。位份最低的“答应”安陵容不幸与专横的常在夏冬春和满军旗出身的富察贵人一同入住延禧宫；眉庄身为贵人位份较高，住进了气派的咸福宫，与皇帝在王府时的旧人敬嫔同住；甄嬛和蒙军旗出身的淳常在则入住偏僻的碎玉轩，甄嬛私下告诫流朱与浣碧事事当心，不可有任何差池。延禧宫内，夏冬春依仗常在的身份对陵容百般欺凌，陵容委曲求全，不与之相争。皇后命人赏赐新进小主们绸缎、首饰等物。陵容来看望甄嬛、眉庄，三姐妹约定以后要相互扶持，抱成一团。入宫三日后，秀女们要拜见皇后，甄嬛和眉庄刻意低调，避免引起华妃妒恨。华妃故意为难新人，让她们长跪不起，自己却与皇后闲聊；皇后给足华妃面子，适时让新人们起身，博得众人的尊敬。眉庄和甄嬛赞扬华妃的气质和德行，同时赞扬皇后，博得皇后好感。夏冬春不知道华妃势大，刻意强调衣服料子为皇后所赐，使华妃更加确定其为皇后一党。甄嬛、陵容和眉庄三人在回去的路上与夏冬春起了争执，夏冬春欲出手打陵容时，华妃为树威信，杀鸡儆猴，“赏”了夏冬春宫中酷刑“一丈红”。甄嬛等三人吓得魂飞魄散，逃到御花园，又发现了井里的死尸，大惊失色。皇后得知自己派给华妃的宫女福子被害井中，又闻夏冬春被赐“一丈红”成了残废，打入了冷宫，明白华妃是在跟自己暗中较劲。

甄嬛无意中发现碎玉轩海棠树不开花的秘密——树底下被人埋了大量麝香，这正是此前住在碎玉轩的芳贵人无故小产的缘由。甄嬛害怕自己得宠后遭他人谋害，便请来温实初协助自己，假称受惊染上风寒不便侍寝。温实初甘愿冒杀头死罪，替甄嬛隐瞒实情，并用药物催发甄嬛病情。甄嬛听到小允子半夜哭泣，得知是他的哥哥生病，甄嬛便仗义相助，小允子感激涕零。甄嬛染疾，皇帝便翻了眉庄的牌子，温柔大方的眉庄颇得皇帝欢心。次日，皇帝赏赐宫中稀有的绿菊给眉庄，为其住处赐名“存菊堂”，并希望她学习六宫事宜，为华妃分忧。此举让华妃怒火中烧。与此同时，皇后一边埋怨齐妃的懦弱，另一边却十分抬举眉庄，借机扩张势力。齐妃为皇帝身边老人，也是三阿哥弘时的生母，皇后的大阿哥和纯元皇后的二阿哥相继夭折，三阿哥是实际上的长子，虽资质平庸，皇帝并不十分喜欢，但还是寄予厚望，齐妃本人也昏懦无能，不懂宫斗之道。宫女福子的死因经皇后查明系华妃指使手下人所为，差人告知皇帝，皇帝不满华妃的跋扈行为。恰逢此时西北准噶尔部发生叛乱，满朝文武百官当中唯有派年羹尧前去平叛方能化险为夷。皇帝为顾全大局，只得劝皇后低调处理福子溺毙之事。甄嬛的病一直没有起色，趋炎附势的太监宫女们纷纷另谋出路。首领太监康禄海和两个徒弟不满甄嬛失势，主动请辞去服侍丽嫔。内务府的小人们更是看人下菜碟，变相降低了碎玉轩的待遇。甄嬛感叹世态炎凉。

陵容与眉庄时常看望受冷落的甄嬛。新年将至，甄嬛生病不便参加合宫夜宴，碎玉轩中剪纸为乐，小允子感激甄嬛对他的帮助，为其剪了小像。宴席间，皇帝看着瓶中的梅花触景生情，思念已逝的纯元，遂前往倚梅园。皇后不放心，请果郡王允礼悄悄尾随护驾。甄嬛独自前往倚梅园，把剪纸小像挂在枝头。甄嬛祈福时念了句“逆风如解意，容易莫摧残”，惊动了一陌生男子（皇帝），甄嬛谎称宫女逃脱，一旁的宫女余莺儿在侧偷听。这句诗正是纯元生前最爱。果郡王发现了树上所挂的剪纸小像，悄悄取下藏于袖中。皇帝命大太监苏培盛为自己找来能够对上“逆风如解意”下句的女子，当晚偷听皇帝与甄嬛对话的宫女余莺儿对出下半句，被苏培盛带来觐见皇帝。皇帝未生怀疑，又见其声音动听相貌不差，故晋为官女子。果郡王以其他诗句试探，余氏答不上来，便知其并非皇帝遇见之人。眉庄告诉甄嬛倚梅园的宫女余氏得宠，还被皇帝封为答应，甄嬛默不作声。眉庄辞别甄嬛，在大雪封路的宫中长街与余答应狭路相逢，余答应恃宠而骄，竟让身为贵人的眉庄给她让路，眉庄隐忍不发。

甄嬛知道余氏因顶替自己博得皇帝恩宠，不禁心存庆幸。陵容得皇帝翻牌，却因紧张导致浑身哆嗦，皇帝不愿勉强，叫人把陵容抬回宫中，换余答应前来伺候。陵容成了宫中的笑话，遭人奚落，更加难以抬头做人。宫中得势的余答应擅长昆曲，妩媚惑人。余答应被封为妙音娘子，自持有华妃撑腰，骄横无礼，顶撞眉庄，更冒犯与甄嬛同住的淳常在和皇帝身边老人欣常在，还把欣常在关进慎刑司，惊动六宫。太后震怒，释放欣常在并加以安慰，褫夺余答应“妙音娘子”的封号，华妃却乐得袖手旁观。太监小允子在御花园一角扎了个秋千，甄嬛时常玩耍。一日甄嬛偶遇身穿常服的皇帝，皇帝故意隐瞒身份，自称果郡王与她交谈，甄嬛吹箫一曲，皇帝心动。次日，皇帝又去杏花树下与甄嬛相见，以秋千试其心性，又一起赏花谈词；甄嬛虽仰慕此人才华，终究顾及两人悬殊身份离开。皇帝约她五日后再见，甄嬛应允。皇后听说余氏之事，认为没有皇上发话，太后的责罚并不会对余氏有太大影响，也免得自己两面为难，故未理会。余答应跪在养心殿外半宿，把皇帝的心都给唱软了，重又获宠，并故意刁难苏培盛手下太监小厦子，引来嫉恨。皇帝与甄嬛约定之日大雨滂沱，皇帝赶往御花园途中却被太后叫去寿康宫。

甄嬛如约在雨中等着那个自称“果郡王”的人到来，结果却失落而回。余答应路过时见到甄嬛，颇感意外。皇帝见过太后便匆匆赶往御花园赴约，却已人去楼空。皇帝染了风寒，病倒数日。病愈后的皇帝惦记甄嬛，瞒着华妃独自前往御花园。窥伺皇帝行踪尾随至御花园的余氏遇见甄嬛，趁机欺凌并口出狂言。皇帝出面维护甄嬛，贬余氏为官女子，命苏培盛将余氏迁至远处。甄嬛此刻大吃一惊，呆立原地久久未动。眼前这个人并非果郡王，而是君临天下的皇帝！皇帝喜爱甄嬛，破例在未侍寝前晋封甄嬛为贵人。碎玉轩无掌事太监，甄嬛趁机推荐小允子，皇帝恩准。甄嬛得皇帝关注之事传遍六宫，皇后早有戒备，并不觉得意外，唯独华妃对此嗤之以鼻。眉庄、陵容前来道喜，众人纷纷逢迎。甄嬛对皇帝动情，决意接受挑战，与温实初商定瞒下装病一事，慢慢“病愈”。期间，甄嬛与皇帝下棋谈书，调香烹茶均投其所好，皇帝愈发对甄嬛钟情。内务府见风使舵，把之前克扣的份例和物品都补给了甄嬛，反而被流朱一顿抢白。

侍寝之夜，皇帝赐浴汤泉行宫，皇后大度，以身体抱恙为由未一同去行宫，有意成全皇帝和甄嬛。新婚之夜，甄嬛以一双红烛祈求白头到老，皇帝感动。次日，甄嬛早早来到皇后宫中请安，皇后甚是满意，与甄嬛投缘。而在碎玉轩，皇帝已赐下“椒房”恩宠，更体贴甄嬛心意，按民间嫁娶“撒帐”习俗讨甄嬛欢心，两人感情更加深厚。甄嬛一连七天受宠，华妃在宫中醋性大发，身边的曹贵人劝她静观其变，侍女颂芝则用杨贵妃赐浴华清池之典故比喻甄嬛，宽慰华妃，而华妃本人则如临大敌。康禄海获知甄嬛得宠，想重回身边伺候，被甄嬛拒绝，这一幕被丽嫔看到，丽嫔大怒，怒斥康禄海并让他给自己掌嘴。甄嬛好言相劝，但丽嫔为此与甄嬛结怨，华妃趁机把康禄海的徒弟小印子派到了余氏身边。众妃在皇后宫中闲谈，华妃矛头指向甄嬛，并让众妃嫉恨甄嬛专宠。皇后为平衡后宫，制止华妃，甄嬛对皇后甚为感激。余氏被降位后心中不忿，日日在住处诅咒甄嬛，甄嬛听说后并不以为意。

华妃见甄嬛受宠，又与眉庄交好，便挑拨两人关系，孰料眉庄并不所动，甄嬛与之坦诚相待，两人情意更甚从前。甄嬛为保平安，恳求皇帝不要专宠自己，以免六宫妒恨。皇帝依言去看望齐妃，甄嬛心中失落；齐妃多年不得皇帝宠幸，笨嘴拙舌，不得章法，皇帝十分厌烦，决定来看望甄嬛；甄嬛以“四郎”相称，更得恩宠。华妃离间不成，便决定先除掉眉庄，以免后患。她以让眉庄学习六宫事宜为借口，故意刁难眉庄，眉庄为顾大局，不与之相争。皇帝给太后请安，太后建议皇帝雨露均沾，不要专宠莞贵人一个。皇帝心中不爽，又不敢顶撞，听说丽嫔来过，便知端倪，借故撤了丽嫔的绿头牌。华妃独大，皇后也不便插手，只能睁一眼闭一眼。华妃又施一计，趁夜深眉庄回宫途中，故意叫人引开眉庄身边的侍女，独留眉庄一人在千鲤池旁。华妃身边太监周宁海把眉庄推入池中，眉庄不懂水性，几乎淹死。眉庄被人救起送回宫中，敬嫔悉心照顾，寸步不离，皇帝也赶来探视。华妃此时穿戴整齐，带着熬好的补药前来探望，说要责罚沈贵人的宫女未能照顾好自己的主子。众人皆看出华妃是有备而来，沈贵人落水一定是她派人做的。次日，眉庄醒来明白告知甄嬛，一定是华妃所为，只是苦无证据，需暂时隐忍，但要与华妃斗到底，甄嬛担忧。皇帝、皇后、敬嫔都看出其中端倪，但也只好不了了之。

眉庄深恨华妃却不能轻举妄动，甄嬛唇亡齿寒，更警惕华妃。甄嬛身体倦乏贪睡，心生疑惑，温实初发现是有人在甄嬛汤药中加入会致人痴呆的毒药。甄嬛惊怒之下与众人设计抓出内奸花穗与小印子，审问后二人招认是失宠的余氏指使的。华妃听说二人被抓，大为震怒，丽嫔建议将余氏灭口，曹贵人极力反对，并建议让余氏咬死此事，以免华妃干系。甄嬛告知皇帝余氏陷害自己的歹毒行为，同时道出当日倚梅园中余氏冒名顶替自己之事，皇帝大怒，将余氏废为庶人，打入冷宫赐死，余氏不肯就死，大闹冷宫。皇帝出巡，太后和皇后凤体抱恙，华妃唯恐避之而不及，宫中无人能管此事，甄嬛也不愿再问。陵容为报答甄嬛，撞着胆子前往冷宫，告诉苏培盛用弓弦勒死余氏，给她个痛快。苏培盛命小厦子动手，小厦子痛恨余氏，下手极重，将她的脖子几乎勒断了一半。事后，陵容前来告诉甄嬛这一消息时，却听到眉庄对自己行为的怀疑和不解，不禁伤感，更觉自卑，独自离去。陵容第一次与眉庄、甄嬛之间产生隔阂。

余氏惨死，华妃却幸灾乐祸。曹贵人派人把余氏尸体送回本家并料理后事，华妃以此看出她老练稳重。甄嬛和槿汐怀疑余氏背后有人指使，便布下迷魂阵，待此人自投罗网。陵容发觉丽嫔深信鬼神之说，便让小允子扮成女鬼，先是吓坏了富察贵人，皇帝此时又不在宫中，宫中更是流言四起，都说是惨死的余氏冤魂来索命。丽嫔深感不安，甄嬛又趁势把丽嫔吓得当场说出自己是余氏的幕后主使；华妃深感不安，欲带走丽嫔。甄嬛与眉庄一起拖延时间，不惜与华妃当面对峙。关键时刻皇后赶到，带走了魂飞魄散、满口呓语的丽嫔。华妃惊怒交加，曹贵人赶来宽慰华妃，指出所谓“闹鬼”实为人为，而且疯子的话是不能信的。华妃会意，先行向太后禀报此事。皇帝安慰受惊的甄嬛。事后，太后从丽嫔口中得知真相，为保皇家颜面，太后命皇后将丽嫔废入冷宫。因此事涉及华妃，皇帝一时震怒，下令暂时夺去华妃协理六宫的权力。太后见眉庄心细谨慎，让皇后多加培养。华妃被冷落后，曹贵人因生有温宜公主而未受连累。没了华妃的掣肘，曹贵人利用女儿在皇帝面前邀宠，渐生摆脱华妃控制之心，无奈因其出身一般，终是有心无力。浣碧在宫中郁郁寡欢，因思母心切，不顾宫中禁忌，私自在假山后烧纸祭母，被曹贵人当场逮到，此事也成为其日后利用浣碧的把柄。

众人前往圆明园行宫避暑。皇帝因顾及年羹尧权位及旧情，不得不带上华妃一同前往行宫。果郡王允礼应诏入宫陪皇帝射箭取乐，其一箭双鸽的精湛箭术勾起皇帝心中多年的忌讳。允礼察觉出皇帝的不满和质疑，当即表态自己会韬光养晦般存活于世，必定远离朝政。甄嬛前往皇帝处伴驾，曹贵人借机挑拨离间，暗示皇帝当日遇见甄嬛时假借果郡王之名，恐引起甄嬛对允礼产生倾慕之情，而非皇帝本人。生性多疑的皇帝立即对甄嬛心存芥蒂，责问甄嬛是在何时对自己有情，甄嬛以余氏欺凌皇帝解围为由，巧妙地周旋过去。眉庄有宠无孕，深感无依无靠，便召来同乡太医刘畚索取生男秘方。甄嬛告诫眉庄需谨慎，眉庄让甄嬛尽可放心，刘畚乃自己同乡，并无不妥。恰逢温宜公主满周岁，皇后准备好好操办。曹贵人设宴邀请甄嬛、眉庄等人，席间眉庄恶心呕吐，众人皆认为其怀孕，皇帝更是喜出望外。太医刘畚当场确认眉庄已有一个多月的身孕，皇后关照眉庄让其安心养胎。

皇帝欲晋眉庄为嫔，皇后建议待眉庄生产后再为其晋封，皇帝称赞皇后顾虑周全；眉庄因其贤惠得体，获赐“惠贵人”封号。眉庄有孕不方便侍寝，唯恐甄嬛落单，又怜悯陵容孤苦，便接她来行宫避暑。陵容眼见眉庄与甄嬛得势，心中失落异常。甄嬛和陵容偶遇四阿哥弘历，四阿哥是皇帝做亲王时与宫女李金桂意外所生，彼时九龙夺嫡，皇帝因此被先帝训斥，四阿哥也因此被迁怒冷落，一直被养在圆明园，身边只有乳母伺候，几乎没有机会见到皇阿玛。甄嬛怜惜他，教导他要自立自强。温宜公主周岁生辰之际，后宫大宴，生母曹贵人与怀孕的眉庄大受奉承，久病在床甚少露面的端妃也出席贺宴，十分疼爱温宜，并对甄嬛产生好感。甄嬛离席更衣时在水边浣足取乐，偶遇果郡王；果郡王知道她便是小像上的人，心中倾慕，甄嬛却嫌其放荡不羁，态度冷淡。回到宴席后，曹贵人故意施计让甄嬛当众作已故纯元皇后生前擅长的惊鸿舞，欲以大不敬之罪令甄嬛失宠。甄嬛急中生智，与眉庄、陵容三人歌、舞、琴相和，博得皇帝赏识；而在场的其他人却各怀鬼胎，纷纷指责甄嬛舞姿有模仿纯元之嫌，毫无新意可言。正当甄嬛一筹莫展时，果郡王吹奏笛子入席，以悠扬的笛声助甄嬛一臂之力；甄嬛灵感突发，翩翩起舞，皇帝为其倾倒，曹贵人弄巧成拙。

甄嬛一舞艳惊四座，更得圣宠。岂料华妃早有准备，借《楼东赋》婉转复宠。人人都以为皇帝怜悯华妃是二人情深意浓，甄嬛却何尝不知，皇帝此举意在利用年氏一族协助自己来稳固大清的江山。华妃复宠后，皇帝为顾朝政不免冷落了甄嬛，甄嬛颇识大体，深得皇帝赏识。雷雨之夜，甄嬛受惊吓睡不着，皇帝赶去陪着。皇后听闻此事，想起自己的儿子大阿哥弘晖去世当天也是这般情景，头风发作。安陵容父亲随军护送西北银粮遭劫丢了银粮，被皇上降旨关押入狱。陵容孤苦无助，祈求甄嬛、眉庄相助。甄、沈二人因位卑不敢干政且能力有限，未能救出安父。陵容权衡利弊之后选择投靠皇后。华妃听闻安比槐之事，即刻说服皇帝将其处死；皇后态度则与华妃相左。皇帝找来甄嬛商议此事，甄嬛借古喻今，皇帝最终宽恕了安比槐。岂料，皇后身边的掌事宫女剪秋一早将宽恕之事告知陵容，让陵容误认为此事是皇后起的作用。陵容感激皇后之余，不免重新权衡自己与眉庄、甄嬛之间的关系，认定皇后才是自己在宫里最可依靠的。夏日炎炎，甄嬛与皇帝耳鬓厮磨。浣碧故意打扮得花枝招展，意图惹皇帝注意；岂料她的小心思早已被甄嬛看出端倪。

甄嬛与皇帝夜访眉庄，华妃不敌甄嬛盛宠，只得退让。眉庄遭人陷害，被宫女茯苓当众揭破假孕真相。皇帝勃然大怒，下令幽禁眉庄于闲月阁，褫夺封号，降为答应。茯苓惨遭灭口，死无对证；太医刘畚被人收买，携赏银躲过追杀，连夜出逃，侥幸逃脱。甄嬛明知此事乃华妃、曹贵人等人一手策划，却苦于无计可施，爱莫能助，只得通知父亲找人活捉刘畚，方能为眉庄洗清冤屈。眉庄获罪一事恰逢前朝西北战事告急，甄嬛急于求见皇帝为眉庄洗冤，却遭到华妃阻挡。皇帝在屋内隔窗相望，心生怜悯；而屋内的曹贵人趁机挑起皇帝更多疑心。敬嫔探访眉庄时意外发现其食物遭人投毒，眉庄生还渺茫。皇帝探望甄嬛，离开甄嬛寝宫时，看到摆在宫门前的残败花朵，知道必是内务府刁难，当即责罚了内务府总管黄规全；皇后顺水推舟，借机将黄规全撤换。岂料此事出在甄嬛宫中，黄规全乃是华妃远亲，华妃对甄嬛恨之入骨。

眉庄失宠，处境凄凉。甄嬛暗中求助于芳若，忆及自己与眉庄多年的情意，并跪求芳若照应失宠的姐妹。宫中新到螺子黛，皇帝独独赏赐了皇后、华妃与甄嬛；华妃深感地位岌岌可危，痛恨甄嬛。而甄嬛将一部分螺子黛转送给了芳若，皇帝见芳若描眉所用为螺子黛，明白甄嬛的心意。华妃一心要除甄嬛，费尽心机却只除掉了沈眉庄，斥责曹贵人不尽心尽力，曹贵人深知此事之难却又不敢申辩。甄嬛探访陵容，从绢子上发现对方有争宠之心，于是顺水推舟劝其接近皇上。陵容以一曲《金缕衣》引来皇帝侧目，华妃心生憎恨。皇后察觉到陵容心生不安，欲将其据为己有。甄嬛眼见陵容伴皇帝而去，心生伤感。陵容凭歌声擅宠，一时风光无限，昔日对其欺凌之人纷纷奉承；陵容陶醉于权势之余，亦感念甄嬛的扶持。皇后对陵容的谦虚态度颇有好感，让剪秋多加照顾。陵容晋封为常在，自信心倍增，把皇帝赏赐的衣料尽数赠与甄嬛；浣碧不满陵容所为，觉得自己容貌等条件丝毫不逊于她，更使脸色给陵容看。此举平添了甄嬛与陵容之间的嫌隙。

宫中夜宴，甄嬛触景生情悄然离席，却在桐花台与果郡王不期而遇。允礼向其道出生母舒太妃身世，尽露哀怨之情，感叹世态炎凉；甄嬛新生好感，婉转相劝，令允礼舒缓心结。甄嬛返回宴席，宫女报知曹贵人女儿温宜公主吐奶，帝后等人颇感意外。华妃发觉皇帝格外爱惜温宜公主，于是心生一计，命曹贵人抱来温宜由她抚养，一方面为争宠，并彰显自己的贤德；另一方面好方便其进一步控制、打压曹贵人。眼见女儿受苦，曹琴默有苦难言，暗恨华妃。温宜病势加重，皇帝担忧不已，日夜守在华妃宫中。太医疑心温宜食物伤胃，查出孩子所食的马蹄羹被人换成了木薯粉，甄嬛继而被人怀疑下毒。皇帝责问甄嬛夜宴当晚离席良久是否有人可为其作证；甄嬛知宫规森严，若说与果郡王在一起则罪行更重；危急关头，久病的端妃出面为甄嬛作证，化险为夷。皇帝虽有疑惑，但为平众议，让皇后全权处理，皇后下令责打公主的乳母和侍女。此番事后，曹贵人心疼女儿被华妃利用，心生叛意。

华妃为防皇帝起疑殃及自身，指使御膳房的太监小唐出面顶罪。皇后认定此事乃是华妃所为，望皇帝不要顾念旧情，严惩华妃；皇帝心知肚明，却碍于年羹尧之势，下令杖杀小唐灭口，草率平息此事。西北战事告捷，皇帝急欲恢复华妃协理六宫之权。甄嬛以稳固朝政为由出面劝阻，皇帝答应暂缓处理此事。浣碧精心打扮欲引起皇帝注意却弄巧成拙。甄嬛无力阻止年氏家族强盛之势，又察觉浣碧渐生叛离之心，深感腹背受敌。甄嬛疑心木薯粉一事乃浣碧暗中勾结曹贵人所为，遂以胭脂水粉和蜜合香相送试探曹琴默。曹琴默暗防甄嬛，丢掉所有礼物，唯独留下了蜜合香。华妃获知兄长年羹尧凯旋还朝后，满以为皇帝会恢复自己的权位，却得知甄嬛于背后劝阻皇帝另其复位之事搁浅，华妃大发雷霆。甄嬛刻意让槿汐在宫中散布自己将要探望被禁足的眉庄的消息。她假扮浣碧出宫，特意命浣碧留守宫中。浣碧不知是计，偷偷向曹贵人通风报信。曹贵人怂恿华妃即刻搜查眉庄寝宫，在闲月阁门口与芳若对峙，却一无所获。

甄嬛暗中派人告知皇帝风波始末，皇帝盛怒之下斥责华妃，夺回其对温宜的抚养权，将公主归还曹贵人。华妃大怒，对甄嬛放出狠话。事态平息，众人离去，甄嬛借机夜探眉庄。眉庄失宠孤苦，对皇帝的绝情失望至极。甄嬛回宫时惊动侍卫，恰巧果郡王在旁协助其避过盘查。甄嬛发现自己的小像被果郡王所得，心怀感激的同时却刻意避开果郡王的情意。浣碧身上蜜合香的气味使甄嬛更加确定她与曹贵人勾结。甄嬛夜审浣碧，告诉她自己就是她同父异母的亲姐姐，并念及多年姐妹之情，对此前发生的事情不予追求。甄嬛答应浣碧，一定为其求得所想一切，浣碧知错，感激涕零。夏末秋初，圣驾回宫，落魄的眉庄被送回存菊堂继续禁足。存菊堂物是人非，眉庄心中无限凄凉。回到紫禁城的第一晚，皇帝按规矩应宿在皇后宫中；皇帝却思念甄嬛，命人送去同心结一枚。皇后此时突然意识到甄嬛来日的威胁会比华妃更大，紧紧搂住皇帝不放。

皇帝有意遏制华妃，平衡后宫势力，故将蜀锦制成玉鞋赠与甄嬛。果郡王离京游蜀，亲手绘制夕颜花图案蜀锦，期待来日有机会赠与心上人。华妃得到皇帝赏赐的蜀锦十分高兴，却听说上面绘制的是寓意不祥的夕颜花，大发雷霆，把蜀锦全都赏给了甄嬛。华妃穿着素净给太后请安，将皇帝赏赐甄嬛蜀锦玉鞋一事告诉太后，言语间醋意大发。太后为社稷之长久考虑，命人把自己头上戴着的凤穿步摇赠与华妃已表安慰。送走华妃后，太后请来皇帝，侧面告诫皇帝对待后宫佳丽需雨露均沾，更强调了华妃的地位，皇帝心知肚明。年羹尧平定西陲，还朝请安。庆功席上他自恃是朝廷的功臣，霸气十足，字里行间渗透着不屑，在皇帝面前更加肆无忌惮，根本没把皇帝放在眼里，甚至要求苏培盛给自己斟酒夹菜；皇帝强忍不满，表面应和。华妃对哥哥的跋扈表示担心，年羹尧却不以为意。皇后得知年氏家族的强大势力，不禁黯然神伤。华妃忌讳皇帝对陵容的赏识，特意设局请陵容为其吟曲，甄嬛陪陵容同行。

甄嬛与陵容同时受到华妃的戏谑和侮辱。陵容回到住处委屈流泪，甄嬛劝其忍字当头。陵容敬畏皇后，赢得其好感。皇后在陵容身上看到自己百般忍耐的影子，更加欣赏陵容。华妃在宫中不断挑起纷争，皇帝虽感厌恶却碍于局势不予理睬。甄嬛陪皇帝赏雪练字，淳常在捧梅花而入，引得皇帝注目。淳儿言语天真，十分得皇帝宠幸。陵容本就自卑，又见皇帝赠给甄嬛的蜀锦玉鞋，心生妒忌。淳儿得宠，言语天真，无意间得罪了陵容；陵容心胸狭窄，认定淳儿是仗着甄嬛之势故意欺凌自己。皇后听说陵容身体不适，假意探访，却发现陵容藏于枕下的秘密——一个身上扎满银针的小人偶！皇后斥责陵容不应背后诅咒华妃，陵容担心此举被皇后告发，皇后却借机拉拢陵容。陵容掌掴自己的侍女宝鹃，怀疑是她告密，宝鹃大呼冤枉，并说可能是莞贵人送来的菊青出卖的。

年羹尧进宫面圣，见果郡王却不起身行礼，性情豁达的果郡王不以为意。皇上对年羹尧甚为器重，朝廷委任官员悉听他的主意；年羹尧居功自傲，不知收敛，皇帝略表不满。皇帝与甄嬛讨论朝政朋党之事，甄嬛博古通今，又深知前朝后宫俱为一体，不扳倒年羹尧就不能扳倒华妃，甚得皇上心意。陵容精心绣了件寝衣送给皇帝，却看见皇帝贴身穿着甄嬛绣制的寝衣，心中狐疑，认为甄嬛意在与自己争宠。皇后察觉，挑拨陵容与甄嬛的关系。翌日，几个姐妹们聊天时，陵容从毫无心机的淳儿口中得知皇帝根本没把自己赠送的寝衣当回事儿，黯然离去。甄嬛为淳儿向陵容道歉，差人送去玉钗一双，陵容误会甄嬛此举是有意向自己炫富。与此同时，皇帝更加宠爱淳儿，陵容备受冷落，皇后告诉陵容，甄嬛其实一直在利用她。陵容找茬责骂菊青，菊青在无人处流泪，路过的槿汐好言宽慰，被宝鹃撞见，告诉了陵容，陵容更加相信菊青是甄嬛的奸细。

甄嬛得太后信任，窥见皇后并不得太后欢喜，又被皇帝冷落，每日靠习字打发时间。太后喜爱甄嬛，着意调教，令其习书法抄经文，沉稳心性。富察贵人借怀孕恃宠而骄，得罪了甄嬛、华妃等人。曹贵人本想挑起华妃与甄嬛之间的争执，却反被甄嬛利用。初春之际，宫中时疫发作，宫女太监不断染病而死，人人自危。皇后要求华妃等人清扫各自宫苑。歹毒的华妃指使周宁海把时疫宫人用过的器皿赠与禁足中的眉庄，眉庄染疾。甄嬛欲求皇帝救助眉庄，皇帝却为京城百姓安危和朝政烦心，无暇接见。甄嬛求助温实初照料眉庄，实初为守承诺，冒险照拂病重的眉庄，眉庄感动。温实初为助甄嬛巩固地位，苦寻治疗时疫的良方。甄嬛派出的人找到陷害眉庄的太医刘畚，刘畚亲口承认华妃为幕后主使。皇帝疑心刘畚是甄嬛有意安排的，甄嬛感到心寒。皇帝宽恕眉庄，解除其禁令，恢复惠贵人位号，并降华妃为年嫔。

苏培盛欲传旨责罚华妃，陵容指使宫女，提前把消息透露给华妃。华妃焦急无奈，曹贵人提议以治愈时疫的药方夺回宠爱。华妃找来江太医，窃取了温实初研制了一半的药方献给皇帝。这药方虽存有不足，却暂时控制了疫情的发展。皇帝龙颜大悦，即刻下令恢复了华妃协理六宫之权，但同时下旨晋封华妃的老对头敬嫔为妃。甄嬛愈感力不从心，皇后也甚为忧虑。甄嬛看望眉庄时遇到温实初，眉庄看出实初对甄嬛仍存有超乎寻常的关心，心中怅然若失。华妃联合哥哥年羹尧，让直隶总督赵之垣弹劾甄嬛父亲甄远道是不敬之功臣，违背圣意。皇帝找来甄嬛在养心殿商谈甄父事宜，甄嬛明知此事有鬼，只于言语间点到为止，焦急中自叹能力有限。陵容此刻却应诏于殿外等候皇帝，皇帝以心烦为由打发陵容独自回去。陵容误以为甄嬛在背后作梗，对其怨恨进一步加深。是日，皇帝翻了陵容的牌子。陵容满心欢喜，精心打扮准备侍寝。未承想皇帝因惦念甄嬛心切，再次改变主意去了碎玉轩，陵容因此遭到富察贵人及宫人的耻笑。陵容认定甄嬛必是与自己争宠，伤心欲绝，姐妹情谊出现裂隙。皇后恰逢时机地安慰落寞的陵容，无助的陵容更加靠拢皇后。

江太医给华妃诊脉，华妃询问自己何时才能怀孕。江太医深知华妃无孕的缘由，只能三缄其口。甄父最终被贬为都察院御史，位降几级，甄嬛为父担忧。眉庄身体好转，温实初前来诊脉；眉庄偶然发觉所用茶碗被人更换，怀疑遭华妃等人陷害染疾，只是时过境迁，此时根本无力搬倒华妃。富察贵人有孕，恃宠生娇，皇后格外照顾，更提议皇帝厚待富察，引华妃嫉恨。齐妃送给皇后一只大猫，名叫松子，皇后十分喜欢，私下告诉陵容，松子处在发情期，喜欢扑东西。皇后邀嫔妃们赏花，陵容利用富察所用香粉招致松子性情大发，扑向富察肚子。甄嬛此刻被人暗中推倒，险些撞倒富察；甄嬛为救富察，自己倒地，脖颈被猫爪抓破。皇后命太医为富察和甄嬛诊疗，富察受惊后不幸小产。另一边，太医诊脉后得知甄嬛已经怀孕，太后和皇后大喜，华妃却恼怒异常。眉庄和甄嬛分析富察流产之事并非意外，而是人为，要甄嬛倍加小心。端妃路过花园，捡到了香粉盒，交给了太后，太后命人把惹祸的猫抓来，用香粉引得猫发狂，暗示皇后此事与她有关，皇后大惊；太后表示此事关乎皇家血脉，命皇后必须保住甄嬛腹中皇嗣。

端妃权衡皇后与华妃两股势力后，夜访甄嬛，对其点明利害并结成同盟。华妃得知甄嬛有孕，惊怒交加，怨恨端妃当年骗她喝下滑胎药致使不能再孕，对端妃羞辱报复不止，端妃实为替皇帝和太后背黑锅，意在阻止华妃生下有年家血统的自私，遂不卑不亢，正色以对，华妃拂袖而去，命内务府加倍苛待端妃。华妃怀疑身边的御医不可靠，请来哥哥年羹尧为自己举荐贴心可靠的大夫。曾在年羹尧军中效力的名医陈大夫前来为华妃诊脉，太后身边的孙姑姑旁敲侧击，让陈大夫明白华妃无法怀孕的缘由；陈大夫在华妃面前不敢吐露半句口风，与宫中其他太医一样选择沉默，反而说华妃还能怀上皇嗣，并开了坐胎药的方子，华妃大喜并赏赐陈大夫大笔金银。皇帝回宫，得知甄嬛有孕，大喜过望，封甄嬛为莞嫔。皇帝感叹自己膝下子嗣炎凉，嘱咐皇后好生照顾甄嬛，不得伤害，皇后胆战心惊。陵容赠甄嬛一瓶家传的舒痕胶，告知此药去疤效果极好。而陵容却在此药膏内放入大量的麝香，孕妇长久使用必将伤及腹中胎儿；甄嬛懵然不知，仍视陵容为真心姐妹。甄嬛被正式册封为莞嫔，与敬妃同日行册封礼，在宫中地位与日俱增。

皇帝来见眉庄，见眉庄仍有心结且态度冷淡，皇帝讨个没趣，去探望甄嬛。甄嬛装睡，被皇帝察觉。皇帝发觉甄嬛的伤痕已经淡了许多，感叹甄嬛美貌世间无双。皇帝提到江慎、江诚两位太医收受宫女太监贿赂，毫无医德可言，甄嬛借机举荐温实初，并告知皇帝治疗时疫的方子乃二江窃取而来，皇帝起了杀意，派手下血滴子暗中除掉二江。华妃得知此事替二江向皇帝抱屈，皇帝表示定会厚葬两人，捉拿凶手。皇帝为甄嬛绘制“姣梨妆”，皇宫内外盛行。甄嬛生辰之际皇帝大摆宴席，引来众妃嫉妒。果郡王真心一片，别出心裁，用满湖盛开的莲花博得甄嬛一笑；席间更吹奏《凤凰于飞》之曲，表达皇帝与甄嬛夫妻恩爱、和鸣铿锵之意。华妃听闻淳儿即将获封贵人，心生杀机；曹贵人暗叹华妃不分主次，自乱阵脚。淳儿捡拾风筝时无意撞见华妃收取官员贿赂，曹贵人使计令淳儿暴露，华妃派周宁海杀人灭口。曹贵人报信于甄嬛，为自己谋得后路。甄嬛听说淳儿熟识水性，不可能失足溺水，便知其死因蹊跷，决意报仇。

西南战事大胜，年氏一族风光无限，皇帝更是另眼相看，答应晋华妃位份。华妃意在后位，咄咄逼人使皇后在众妃面前颜面扫尽。皇后探知皇帝一时不会对付年氏一族，只得自己加紧谋划。内务府预先备下皇贵妃服制送与华妃试探其态度，华妃不疑有诈，欣然收下。皇帝闻风不悦。年羹尧以军功自傲压制朝中文官，兴建王府穷奢极欲。年羹尧夫人发病，年羹尧命人强行请走宫中所有御医为爱妻诊治；皇后深夜头风病发，却找不到一个御医，皇帝闻讯大怒。次日百官闻风谏言，皇帝却一味宽纵，更出言安慰年羹尧。年羹尧更加骄纵，百般压制甄远道。甄嬛夜读《郑伯克段于鄢》试探皇帝心意。翌日，华妃满心欢喜等候晋升，却得知皇帝仅晋封自己为贵妃，而非位同副后的皇贵妃，华妃这时才意识到自己太过心急。皇后以甄嬛腹中胎儿之事点醒齐妃，齐妃感受到空前的威胁。陵容偶遇落寞的齐妃，暗示齐妃孕妇忌讳夹竹桃。护子心切的齐妃正中陵容的圈套，亲自做了掺有夹竹桃汁液的栗子糕叫人送给甄嬛，被陵容当场假意揭穿，但建议甄嬛不要禀告皇上，因为齐妃不得宠，被赐死了也没有大碍，但她的儿子三阿哥弘时却是实际上的皇长子，万一日后登基，势必为额娘报仇，所以最好是禀告皇后。皇后急招齐妃，令她下跪自首。

齐妃祈求皇后宽恕，皇后借机夺取抚养三阿哥的权力。齐妃无奈授人以柄，只得听命于皇后，又深恨甄嬛让自己失去了儿子。槿汐感觉此事有诈，告诫甄嬛要留意陵容，甄嬛却不以为然。皇后与皇帝离宫祈福，华贵妃独掌六宫，大权在握。甄嬛有孕在身，体弱不适，华贵妃令太监周宁海前去碎玉轩请甄嬛到翊坤宫听事；甄嬛自知此行凶多吉少，为了避免与华贵妃发生冲突，以大局为重，只得前往。华贵妃借口甄嬛怀有身孕恃宠而骄，责罚其烈日之下跪于宫外诵读《女诫》，眉庄挺身而出保护甄嬛，被责罚一同下跪；陵容假意口头哀求，言语更加冒犯华贵妃。浣碧在一边焦急万分，连忙赶去太后宫中报信，奈何太后病重不能见人，只得求助于进宫看望太后的果郡王。烈日炎炎下，甄嬛体力不支晕倒在地；果郡王不顾禁忌，擅闯翊坤宫救出甄嬛。华贵妃发觉甄嬛下跪处有血迹，大吃一惊。果郡王抱甄嬛回到碎玉轩，手中全是血，甄嬛似有小产迹象。苏培盛赶赴天坛告知皇帝甄嬛出事了。

甄嬛久跪小产，皇帝与皇后闻讯策马赶回宫中。甄嬛失子，皇帝自责不已，皇后假意安慰。华贵妃得知甄嬛小产，虽自认为无责，但在曹贵人劝说下只得脱簪请罪。皇帝大怒，废其贵妃之位，褫夺封号，降为妃位，并责罚其每日正午跪于翊坤宫门外两个时辰思过。皇帝顾及朝政与年羹尧的势力，不能依甄嬛所愿杀掉年妃，甄嬛心灰意冷。年妃在烈日下罚跪思过，又自觉委屈，体力不支晕倒。年羹尧得知妹妹失宠后上书谏言，向皇帝直言冷落妹妹会使年氏一族寒心，令其地位不稳。皇帝处于两难境地，找来果郡王探其口风，果郡王以“不在其位，不谋其政”为由推脱，消除了皇帝的疑心。甄嬛沉浸在失子之痛中，不能自拔，槿汐劝慰，甄嬛埋怨皇帝的言语被前来探望的皇帝听到，止步不前。皇帝心中郁结，来到太后处，诉说是自己当年赐给年妃的欢宜香导致甄嬛流产的，自责不已，太后宽慰皇帝。

温实初给甄嬛诊脉，察觉她体内有用过少量麝香的症状，甄嬛让流朱去内务府取来年妃宫里的欢宜香。陵容熟识各类香料，闻出其中麝香的成分，也借机撇清了自己。温实初恨自己无力，不能让心爱的甄嬛免受今日之苦。不料此话却被前来探望甄嬛的眉庄听到，眉庄大惊失色，强忍悲伤黯然离去。皇帝前来探望甄嬛，甄嬛仍旧对欢宜香一事耿耿于怀，两人心生隔阂，皇帝拂袖离去。为宽解皇帝连失两子的抑郁，皇后安排宫中宴饮，并找来乐师调教陵容唱歌。甄嬛失子后日日身着素服，不施脂粉，以泪洗面，皇帝自责不已，躲避甄嬛。宫中大宴，众妃花样百出，竭尽全力亦无法使皇帝高兴。皇后故意让甄嬛看见妃嫔的媚态，让她以为皇帝早已喜新厌旧。即便如此，皇后仍察觉甄嬛失子亦无法动摇其在皇帝心中的地位，无奈只得使出杀手锏。宴饮之上，一蒙面女子若仙女般荡舟而出，靡靡之音令皇帝倾倒，此人正是陵容。年妃欲见皇帝而不能，正巧看到陵容得宠，气得回宫大发雷霆。温宜哭闹声引起年妃恼怒，疯癫般地抢夺温宜；曹贵人反抗不得，恨之入骨。

陵容一朝得宠，炙手可热，不仅被封为贵人，更得御赐金缕衣。在皇帝面前，陵容不忘以歌声和柔顺讨好皇帝，并时时为皇后说好话。众妃嫔欲与陵容争宠，却被皇后相继弹压，陵容感激之余，也发现自己被众人孤立，只得更加依附皇后。富察贵人借机挑拨陵容与甄嬛的关系，陵容出面解围，讥讽富察；甄嬛对陵容争宠一事心存芥蒂，陵容潸然泪下，道出自己受制于人的苦衷，甄嬛被其假象所蒙蔽。眉庄在宫中长街偶遇皇帝，劝说皇帝探视甄嬛，皇帝犹豫再三，前往碎玉轩。甄嬛伤心过度不能自拔，含泪睡去；皇帝看见以为甄嬛仍深怨自己，伤感愧疚之下再不踏足碎玉轩，甄嬛完全失宠。甄嬛与槿汐前往延庆殿探望端妃，端妃备受年妃多年迫害，连身边的宫女太监都敢欺负她（甄嬛之前的掌事太监康禄海就曾经伺候过端妃），她只得遣散了大部分宫人，只留下一个宫女吉祥，感叹其遭遇，请来温实初尽力救治端妃，端妃洞若观火，认为年妃的确是想压制一下甄嬛的锐气，但绝不希望甄嬛在她主持后宫期间出事，甄嬛小产未必是她的责任。陵容颇得皇帝欢心，浣碧看后不满，语出讥讽；陵容表面并不在意，内心却更恨甄嬛。

甄嬛失宠卧病，备感凄凉，唯得敬妃与眉庄二人照料。眉庄认为甄嬛虽对皇帝失望，却做不到无情。皇后眼见年妃甄嬛两人都已失宠，陵容又在自己掌控之中，异常得意。敦亲王福晋怜悯甄嬛，独自前来探望；此举犹如雪中送炭，让甄嬛倍感意外。入夜，甄嬛遥闻屋外有人以笛声吹奏《长相思》，寻声而去却是果郡王；二人感叹世事多变，彼此慰藉。甄嬛虽感知果郡王情意，却碍于身份，告诫浣碧不要与果郡王过分接近。眉庄为使甄嬛振作，带她去冷宫看失子失宠的芳贵人和疯了的丽嫔，以二人之遭遇为前车之鉴，提醒甄嬛为家族兴衰和自我生存做好长远打算。长街上，落寞的甄嬛撞倒齐妃，富察贵人煽风点火，说甄嬛的孩子冲了富察的孩子，还害得齐妃失去了三阿哥，如今失子失宠实属咎由自取。齐妃在富察贵人调唆下命失势的甄嬛跪于长街，并让宫女翠果掌掴其脸面。甄嬛终于认清眼前残酷的现实，为了重获皇帝的喜欢，要浣碧等人在冬天找来蝴蝶，众人却疑心甄嬛疯癫。浣碧只得求助果郡王，果郡王愿意满足甄嬛的一切要求，为她从昌平温泉寻来蝴蝶。

甄嬛在众人的协助下，引来前往倚梅园祈福的皇帝；皇帝眼见蝴蝶围绕甄嬛纷纷飞舞，美不胜收，即刻为其倾倒，甄嬛得宠翻身，皇后、陵容、齐妃、富察贵人各怀鬼胎，心神不宁。甄嬛欲擒故纵，连续多日借口拒绝皇帝宠幸，却反而更加得到皇帝的眷顾。皇帝拿她无计可施，便找来果郡王商议，不料尚未娶妻的果郡王一语道破皇帝的心意，皇帝内心宽解，果郡王却十分落寞。准噶尔使者入宫求亲，且必须是皇室嫡亲公主，皇帝认定“攘外须得安内”，将先帝幼女朝瑰公主封为固伦公主，嫁给准噶尔英格可汗；甄嬛向皇后提议曹贵人细心，适宜协助公主准备嫁妆。皇后见皇帝对甄嬛言听计从，甚为担忧，却苦无良策应对。曹贵人眼见痛不欲生的朝瑰公主和她同样是贵人出身的生母，兔死狐悲，心惊不已。英格可汗娶得朝瑰为妻，不料数月后便暴毙，公主按当地习俗下嫁给老可汗之子即新任可汗为妾。甄嬛转述公主近况，以温宜前途撼动曹贵人。甄嬛为了家族前途，终于同意皇帝夜宿碎玉轩。

陵容讨好甄嬛遇冷。皇后警告陵容要与甄嬛和好，才能安身立命。甄嬛以“人彘”之事逼疯富察贵人，同时威慑齐妃和曹贵人；曹贵人迫于甄嬛的压力，暂时向其低头，把年妃收受宫外贿赂之事告知甄嬛。富察贵人疯了，甄嬛暗示太医不必好好医治，皇帝下令将富察封在宫里，不许出来。齐妃猜到富察贵人之事为甄嬛所为，主动前往碎玉轩赔礼，甄嬛闭门不见，但还是原谅了齐妃。敦亲王劳军归来戎装进殿，御史张霖弹劾其大不敬之罪，下朝路上被敦亲王报复打昏，引起文臣激愤；敦亲王称病拒绝上朝，皇帝为难。甄嬛向皇帝提议借福晋之手劝敦亲王上门道歉，并自请前往说服福晋相助。皇帝根据甄嬛的的提议，安抚敦亲王，加封其子为贝子，女儿为和硕恭定公主，并由太后抚养其女儿以作人质。福晋明知女儿是被扣为人质，却也无可奈何。敦亲王不解内情，在福晋劝服下勉强道歉。甄嬛以茶叶之事告知皇帝，宫中贡品都是先入年羹尧与敦亲王府邸，剩余的才送入宫中，建议皇帝不必动怒，而将此事刻意宣扬出去，使年羹尧和敦亲王等人失尽人心。皇帝欣赏甄嬛政治才能，允许她单独与自己商议政事。

敦亲王请求为已故的生母温僖贵妃加贵太妃尊号，年羹尧也在此时上表提及此事，皇帝知道二人勾结，勃然大怒，但认为还不是铲除二人的最佳时机。皇帝告知甄嬛往事，温僖贵妃与舒妃争宠败落，为先帝所厌弃。甄嬛请封诸位太妃与敦亲王生母并立，更顾全果郡王生母颜面，同时为太后尊崇徽号。为安抚年氏一族，甄嬛亲自请求皇帝复华妃位份，并决意委曲求全。皇后得知甄嬛干涉朝政，劝诫皇帝小心为妙；皇帝却认为敦亲王等事乃家事，对甄嬛表示信任。年妃复宠，年羹尧进宫朝见，偶遇甄嬛，目中无人的年羹尧自然不会把一个小小的莞嫔放在眼里，放话绝不与陷害年家之人善罢甘休。皇后见甄嬛势力日益强大，焦虑不安。皇帝采用甄嬛意见，恢复年世兰“华妃”的封号；但华妃此时却已如惊弓之鸟般患得患失。皇帝找来甄远道，告知他暗中协助自己搜集年羹尧的罪状，并建议他入宫看望女儿，甄远道为避嫌疑，婉拒了皇帝的提议。皇帝向太后说起晋封太妃一事甄嬛出力不少，太后提醒皇帝后宫嫔妃不得干政，并告诫皇帝对待六宫要雨露均沾，以免引起不必要的麻烦。眉庄从太后口中得知是甄嬛建议皇帝复华妃之位的，十分恼怒，不再理会甄嬛。

甄嬛拉拢曹贵人，但也知道这种联盟不会长久，便主动提出要做温宜公主的义母。甄嬛真诚找到眉庄，希望对方能够理解自己的做法，眉庄质问甄嬛此举意在如何；甄嬛不便说出实情，令眉庄误会进一步加深，姐妹关系逐渐疏远。华妃复宠，甄嬛与陵容面合心不合，不让分毫。皇后拉拢陵容，继续挑拨甄嬛与眉庄的关系。眉庄冷待甄嬛，甄嬛伤心不已。华妃复位，皇帝虽对其恩宠有加，但华妃内心却隐约感到不安，日日患得患失。皇帝对华妃身边的宫女颂芝颇有好感，华妃敢怒不敢言。甄嬛的母亲云氏和小妹玉娆进宫觐见，甄嬛欢喜非常，母女三人说不完的知心话。陵容眼见眉庄与甄嬛关系淡漠，乘胜追击，设苦肉计用自己的血配制药膳给甄嬛送去以期打动甄嬛；甄嬛看出倪端，不为所动。

皇帝携众妃到圆明园避暑。甄嬛在避暑山庄遇见自幼不得父爱的四阿哥弘历，对其怜爱有加。皇帝在大殿听取大臣们历数年羹尧的不是，华妃闻讯焦急，担心年氏家族地位不保，又发现颂芝刻意勾引皇上，虽然生气，但无奈之下也只得听取周宁海的建议，引荐颂芝，将其拱手献给皇帝以求解围。颂芝得到皇帝宠幸，获晋为“芝答应”。皇后听说颂芝没有经过官女子就直接封了答应，嘴上说皇上想怎么办就怎么办，心里则极为不快。华妃为长远打算，强忍心中怒火，小心看着皇帝脸色行事，表面上装得贤良淑德。华妃耳闻皇帝召见大臣议事，唯恐与哥哥年羹尧有关，便交代颂芝侍寝时试探口风，被皇帝推托。皇帝找来甄嬛共议对付年羹尧之良策。甄嬛明白皇帝用意，欲与其联手演出好戏。华妃、曹贵人、颂芝等人与甄嬛狭路相逢，甄嬛表面对华妃毕恭毕敬，却出言讥讽颂芝，令其难堪。华妃看在眼里，私下与曹贵人商议要给甄嬛颜色看看。另一边，甄嬛在与曹贵人、欣常在聊天时故意讽刺颂芝，曹贵人把这些话原封不动地转告给了华妃。

皇帝指示甄远道和鄂敏铲除敦亲王与年羹尧之事，却又说要先平息后宫里的争风吃醋，二人满头雾水。皇帝在九州清晏大殿设宴，甄嬛碍于皇帝极力容忍华妃，却不能容忍芝答应的无理；皇帝一怒之下，贬甄嬛去蓬莱洲幽禁。皇后冷眼旁观，觉察此事有异，但也担心甄嬛如果真的失宠会使敦亲王和年羹尧更加嚣张。皇后提醒陵容务必陪伴甄嬛同赴蓬莱洲；陵容只能以避开华妃锋芒为由，执意跟随甄嬛。天凉了，眉庄命人给甄嬛捎来衣物，甄嬛得知眉庄仍关怀自己，心里得到些许安慰。莞嫔和安贵人被幽禁，华妃势力更大，皇后深表忧虑，众妃嫔都在皇后面前表忠，皇后眼见能独揽大权，十分高兴。皇帝差遣果郡王协助自己查明敦亲王与年羹尧谋反篡位的证据，一举拿下敦亲王等叛党，废敦亲王为庶人，幽禁宗人府，敦亲王福晋及其子女也一并废为庶人，幽禁府中，同时废八王、九王为庶人，幽禁宗人府，改名阿其那和塞思黑。远在蓬莱洲的甄嬛得知消息内心稍感宽慰。平定乱党之后，甄嬛从蓬莱洲回宫，皇帝亲自接待，两人颇有默契。皇后越发担心甄嬛日益强大，要陵容牢牢盯紧甄嬛，有什么举动及时向她汇报。

年羹尧获知同党敦亲王被皇帝捉拿，写了一纸请安奏折呈送皇帝，情急之下把“朝乾夕惕”四字写成了“夕阳朝乾”，皇帝看后大怒。皇帝不断让身边大臣向自己列举年羹尧的各项罪名，意在借助他人之口，彻底铲除年氏一族。年羹尧最后因不恪守为臣之道等罪名被皇帝革了川陕总督和一等公爵位，贬为杭州将军，两个儿子的官职和爵位也一并革除，其亲信和部将或是革职，或是调离。华妃得知此消息大为震惊，不顾宫规前往养心殿替哥哥求情；皇帝避而不见，华妃磕头请求皇帝的原谅。眉庄始知甄嬛用心良苦，二人和好如初。陵容在皇帝面前不忘假意表达自己与甄嬛的姐妹情谊，皇帝不知真情，反而更加怜爱陵容。眼见华妃失势，曹贵人不得不另寻靠山。皇后面前，曹贵人告发华妃此前种种罪行。皇后命人彻查华妃多年恶行。年羹尧前往杭州上任途中迁延观望，指使人为其保留川陕总督的职务，再被贬为城门看守。华妃亲信太监周宁海不堪大刑之苦，供认出陷害莞嫔和惠贵人、谋杀淳贵人、收受贿赂多项罪名。皇帝大怒，但还是顾念旧情，心有愧疚，只是降华妃为年答应，芝答应也重新做回宫女，与年答应一起住在翊坤宫。曹贵人因告发年氏罪行，不仅无罪，反而有功，被晋封为襄嫔。年羹尧自恃有功，身穿御赐黄马褂看守城门，皇帝大怒，下旨将其赐死，其子问斩，年答应磕头求情无果。甄夫人进宫觐见，甄嬛提醒母亲，做事不可张扬，并提出要收浣碧为义妹，日后让她嫁个好人家。

太后赞许皇帝的做法，提醒皇帝不必宠爱襄嫔，也不要再让莞嫔再参与政事，同时提到了隆科多，招致皇帝反诘，太后预感隆科多情况不妙。端妃告知甄嬛后宫如政局，不可凭一己之力改变，另外还需特别防范襄嫔。襄嫔野心勃勃，刚刚封嫔就开始觊觎妃位，更是把甄嬛作为假想敌，意图为女儿挣得好前程。选秀女的年份已到，未免宫中纷扰，皇帝提议推迟选秀；皇后建议不必大肆选秀，只在功臣家眷中选取四名适龄女子入宫即可，皇帝欣然接受。雪天，温宜公主在御花园玩耍时滑倒，端妃挺身相救。端妃私下对甄嬛说自己非常喜欢温宜，但心疼她居然有这样的生母。新进宫的祺贵人瓜尔佳·文鸳之父瓜尔佳·鄂敏与甄嬛父亲同在都察院为官，进宫前鄂敏就对女儿寄予厚望，祺贵人便要求与甄嬛同住，借以博得了皇帝的关注。祺贵人在宫中与年答应狭路相逢并受了气，三番五次地向皇帝挑唆，皇帝顾念旧情，又赶上年羹尧尾七，不予追究。襄嫔借题发挥，要求皇帝赐死年答应，皇帝、太后、皇后发觉此人居心险恶。落魄的年答应和颂芝在宫里偷偷为年羹尧烧纸，年氏感慨后半生只得老死后宫，怨恨皇帝薄情，更恨甄嬛害得自己寥落至此。新春将至，皇后请众妃嫔看戏，祺贵人感激皇后之余失口提到家里两个庶出的妹妹很不讨她喜欢，戳到了皇后的痛处，祺贵人连忙下跪请罪。皇后大度，宽恕了祺贵人，却也看出她肤浅轻狂，更加欣赏陵容的温顺懂事。甄嬛发现自己宫外屡屡受到年答应宫中内监肃喜的窥探，于是设计一举捣毁年氏势力；眉庄在旁相助，不惜推倒火烛，烧伤自己。纵火者当场被抓，皇帝相信是年答应指使纵火，欲烧死居于碎玉轩的莞嫔和祺贵人。

碎玉轩被焚，甄嬛搬至咸福宫与眉庄同住，祺贵人则搬回储秀宫。皇帝命皇后和敬妃全权审理肃喜。肃喜招供，皇后下旨赐死年氏，年氏见只有皇后懿旨，没有皇上圣旨，不肯就死。甄嬛来到冷宫，替年氏送行。她亲口告诉年氏，皇帝和太后当年为了防备年氏一族势力过强，便在华妃专用的欢宜香中添加了大量麝香，致使其终身不孕，并导致甄嬛昔日流产的事实。年氏听闻真相，绝望撞墙而死。皇帝为示自己对年氏的厚爱，许她以贵妃名位入葬，谥号敦肃。甄嬛虽然恨毒了华妃，此时却只觉得兔死狐悲。襄嫔得风寒无人照看，太医院奉太后密旨在其药物中下了失神之药，致其噩梦连连，不断梦见华贵妃冤魂来索命，最终惊惧而死。端妃奉旨抚养温宜公主，填补了不能生育的缺憾。眉庄为了让温实初多来，故意不定时定量服药，让伤口愈合得慢一些。允䄉在宗人府内大骂皇帝以妻儿之命要挟，甄嬛念其是个懂得照顾妻儿的好丈夫、好父亲，更感激当初允䄉之妻探望之恩，提出给年幼的弘暄封一个闲职。年羹尧家中搜出大肆恭维年羹尧的“反书”《西征随笔》，皇帝看后大怒，下令将该书的作者，年羹尧的幕僚汪景琪枭首示众，首级悬于菜市口十年，亲属一律流放，甄远道私下对鄂敏道出了对汪家人的同情，更担心百姓因此噤若寒蝉。宫中妃嫔之位多有空缺，皇帝决定册封甄嬛为妃，陵容在一旁假装贺喜，被皇帝一同册封为嫔，欣常在入宫多年，一并册封为贵人。

除掉华妃之后，陵容向皇后说起皇帝称甄嬛为“菀菀”一事，皇后感到甄嬛带来的威胁，因为“菀菀”是已故纯元皇后的小名，甄嬛的封号也是由此而来，心生妒意。皇后唆使祺贵人让其父瓜尔佳鄂敏在前朝挑拨皇帝与甄远道之间的关系。鄂敏奏报皇帝，甄远道家中有文字狱主犯钱名世的诗集，皇帝心生芥蒂。皇帝本性多疑，在皇后的唆使下，察觉到甄嬛爱读政要史书，内心不悦，有意疏远。皇帝为了制衡各方势力，对平乱有功的臣子并未赋予太多实权，对功臣之女也并不十分宠爱，但也不冷落，太后赞赏皇帝的做法，皇帝再次提起隆科多之事，并希望皇额娘不要干政。册封礼前，甄嬛发现礼服有破损，便草率地穿着内务府送来的替代礼服前往受礼现场。皇后当场指认甄嬛身上的衣服系已故纯元皇后的旧衣，皇帝更是错认甄嬛为纯元；皇帝被揭破秘密，尴尬恼怒，指责甄嬛冒犯纯元皇后，将其囚禁于碎玉轩，非召不得出，日常份例皆按答应的标准，并下令杖毙了内务府总管姜忠敏，就连当初做过甄嬛教引姑姑的芳若也被打发到了太后身边。甄嬛始知自己原来一直都是纯元皇后的替身，彻底心碎。眉庄冒死奔走于皇后与太后宫中为其求情，但两宫都不愿意出面干预此事。

禁足于碎玉轩的甄嬛伤心欲绝，而此时的碎玉轩犹如冷宫一般，连外面送来的食物都是馊的。众人备受欺凌，甄嬛因病重晕倒。流朱为替甄嬛求医，强闯碎玉轩大门，却遭到侍卫阻拦；流朱救主心切，绝望之下扑向侍卫手中的刀刃，血流不止，侍卫不得已向皇帝报告实情。皇帝闻讯震怒，斥责侍卫失职，下令杖责侍卫首领，将内务府苟总管免职，命温实初速救甄嬛和流朱；流朱终因伤势过重死去。甄嬛醒来后意外发现自己怀孕，为保腹中胎儿平安，请求皇后照顾自己身孕，承担一切后果。皇后不愿答应，太后告诫她不可一错再错，更不许她拿乌拉那拉氏家族的荣华富贵开玩笑。皇后奉太后懿旨在麟趾门思过，陵容宽慰皇后，说娘娘不喜欢的孩子就不应该降生，陵容由此更得皇后器重。甄嬛得知流朱为救自己而死，悲痛万分。温实初告诉甄嬛，她所使用的舒痕胶中含有大量不易察觉的麝香，这才是导致她当年小产的根本缘由。甄嬛始知陵容恶毒。

皇帝表面上恢复了甄嬛嫔位的待遇，并允许她出碎玉轩，却让侍卫严加监视，形同囚徒，祺贵人等势利小人更是对她不屑一顾。眉庄获知甄嬛怀孕却仍被禁足，欲以探望，却因宫规森严而不能前往，求见皇上宽恕甄嬛也没有任何效果，她嘱咐温实初要替自己照顾好甄嬛。鄂敏继续在皇帝面前谗言、诋毁甄嬛父亲甄远道，张廷玉等重臣也受鄂敏蒙蔽，弹劾甄远道不臣之心，皇帝心生戒备，最终下旨将甄远道革职收监，其家眷圈禁府中，甄氏败落。太后为甄嬛腹中的龙子考虑，担心她得知家族之事身体不妥，命孙姑姑传信安抚甄嬛。陵容受皇后旨意，派新来的太监小贵子故意将甄父被大臣鄂敏告发革职入狱的消息告诉甄嬛，甄嬛一惊之下动了胎气。事成之后，陵容把小贵子毒死灭口。陵容派人在甄父的牢房里投放老鼠，甄父被咬伤，感染了鼠疫，生命垂危。甄嬛带孕求见皇帝，皇帝正在给纯元皇后写信，态度冷淡，坚决不肯原谅甄嬛的“大不敬”之罪，且表示已经决定将甄家流放宁古塔，只是不必给披甲人为奴；一句“菀菀类卿”让甄嬛知道，原来皇帝此前对自己的万般宠爱只因自己的容貌与纯元相似，一时之间痛心无比，受到刺激早产。甄远道病体康复，与家人一道北上宁古塔，府邸被查抄，家中仆役皆被卖为奴婢。

甄嬛痛苦中早产下一女，取名绾绾（与纯元皇后的小名菀菀同音），封号胧月，皇帝兴奋不已，主动提出重新封她为妃。甄嬛内心对皇帝绝望，也深知自己身为罪臣之女，无法在宫中立足，自请离宫到甘露寺修行，以保胧月平安。甄嬛拜托敬妃收养女儿胧月，替自己抚养女儿长大成人。公主出生三天后，甄嬛毅然离宫，槿汐、浣碧主动随行，眉庄、温实初为其送行，被接回宫来的四阿哥弘历也在碎玉轩门前长跪送行，碎玉轩其他宫人皆被遣往别处伺候。甄嬛迁居甘露寺，带发出家，法号莫愁，入寺后备受欺凌，众尼姑皆以她是被皇帝厌弃之人，让她做砍柴、挑水、洗衣等粗活，明里暗里更是百般的欺负折磨。莞嫔离宫，皇后趁机提议晋封祺贵人为嫔，又否决了皇帝晋封眉庄为嫔的提议，安插陵容、祺嫔等人好生伺候皇帝，在宫中大肆扩张势力。眉庄为甄嬛的离去伤心不已。温实初因其御医的特殊身份，获准往来宫中及甘露寺两地之间，暗中保护甄嬛。果郡王获知甄嬛出宫修行，赶来甘露寺探访，为甄嬛带来女儿胧月的画像，安慰甄嬛思女之情。甄嬛感激。

皇后携敬妃等一干嫔妃赴甘露寺进香，甄嬛躲在立柱后不愿相见。甄嬛看到眉庄时过于激动被祺嫔发现。祺嫔故意踩在甄嬛手上，迫使其因疼痛出声而暴露；甄嬛被迫以狼狈落魄之相出来见皇后等人，皇后得意之下，嘱咐祺嫔告诉寺中住持不必善待甄嬛。陵容庆幸少了一大对手，命人毒死了自己身边伺候过甄嬛的侍女菊青，对外称是病死，草草火化。眉庄回宫后求太后庇护甄嬛，并自请入住甄嬛的碎玉轩为其守宫，甘受冷落。胧月深得皇帝喜爱，敬妃抚养得也尽心尽力，却因无意间在皇帝面前说“公主长得像莞嫔”而遭到斥责，一名宫女更因失口说出公主的生母在宫外，竟被皇帝下令杖毙。太后眼见皇帝此举，由女及母，担心甄嬛安危，暗中派遣芳若每月定期探望甄嬛。甄嬛偶遇果郡王生母舒太妃，二人十分投缘，当年舒太妃得先帝专房之宠，下赐长相思、金缕衣等珍贵之物。当今皇帝登基，剪除了数位兄弟，舒太妃担心儿子受害，主动离宫出家，在凌云峰修。甄嬛欲撮合浣碧与王爷的侍从阿晋相好，浣碧心中早已爱上果郡王，断然拒绝了甄嬛的好意。眉庄在宫中备受冷落，唯有温实初悉心照顾；眉庄越发爱慕温实初，却发现此人一心只挂念甄嬛一人。

果郡王多次向甄嬛暗表情意，均被回绝。宫中虽然皇后独大，但皇帝仍旧不时牵挂甄嬛，皇后为此颇为头疼。甘露寺众尼不容甄嬛等人，更是秉承皇后的意志，静白发现甄嬛房里有从宫里送来的燕窝，趁机诬陷其偷盗，又硬说她得了肺痨，赶去了偏僻难行的凌云峰。甄嬛之病其实并非肺痨，实为生产后身体虚弱，忧思过度，又在寺里受尽辛苦，病情加重。果郡王允礼获悉后带阿晋冒着大雪策马赶来相救，将甄嬛送到清凉台休息，甄嬛被彻底感动。温实初牵挂甄嬛，想尽办法前来照顾，却察觉出果郡王对甄嬛有意。甄嬛病重，允礼舍身相救，只穿内衣躺在雪地里，待浑身冰凉后再去给甄嬛退烧，自己却因此染了重病；甄嬛病情稳定后找到允礼，两人的情感刚有一丝靠近时，皇帝带着敬妃、女儿胧月突然来到清凉台探望允礼；甄嬛躲在屏风后看到女儿时百感交集，断然拒绝允礼的一切好意。浣碧殷勤照顾得病的果郡王，表露爱慕之意，甄嬛病好后立即离开果郡王住处，前往凌云峰禅房。

凌云峰常有狸猫出没伤人，甄嬛等人深夜被吓醒，果郡王及时赶来，赶走了狸猫，这件事更加深了甄嬛对猫的恐惧。皇帝在铲除年氏一族及其党羽后，开始着手处置隆科多。隆科多是先帝孝懿仁皇后的弟弟，孝懿仁皇后又是皇帝的养母，所以他是皇帝名义上的舅舅，更是太后昔日的情人，皇帝始终认为此事让自己颜面无存，决心将其铲除。太后虽然不同意皇帝的做法，但身为母后，她必须要保护儿子的江山社稷。为了成全儿子，不让昔日情人被自己的儿子赐死，也为保皇族声誉，亲自密访隆科多，骗其喝下毒酒，亲手毒死爱人，但事后太后因此事伤心不已，更为当初被隆科多利用，进宫为妃之事感到痛心。当年，乌雅·成璧与佟佳·隆科多青梅竹马，成璧进宫选秀时隆科多哄骗成璧穿先帝最讨厌的粉蓝色前去，先帝必然撂牌子，这样二人也就可以喜结良缘。然先帝其实最爱粉蓝色，隆科多此举意在让她帮助自己的姐姐佟贵妃，也就是后来皇帝的养母孝懿仁皇后。成璧受先帝宠爱，从孝昭仁皇后的侍女一路升为德妃，并生下两个皇子。孝懿仁皇后无子，只有四阿哥（后来的皇帝）一个养子，隆科多遂大力扶持四阿哥即位。 雨夜，甄嬛听见果郡王的箫声，跑去为他送伞，二人吐露真心话，开始相恋，并告诉了舒太妃。温实初发现甄嬛与果郡王二人相恋，深受打击。太后因隆科多一事病重卧床不起，皇帝却不予探望，只有眉庄天天在太后身边悉心照顾，太后感其孝心，特晋封其为惠嫔。

陵容在宫中少了很多对手，为讨好皇帝使尽浑身解数，导致皇帝纵欲过度高烧不退。太后知晓后大怒，但听说当天正好是甄嬛的生日，便知此事与陵容无关，宽恕了她，但还是嫌安嫔、祺嫔妖媚，不许二人侍疾。皇后宫中，陵容主动请罪，皇后好言安慰，祺嫔却不依不饶，皇后看出二人有嫌隙。果郡王入宫侍疾，太后也不顾自己病体沉重前往养心殿探望，发现皇帝病中呼唤甄嬛昵称“嬛嬛”，深受触动，惶恐不安。皇后发觉陵容已不似从前那么容易掌控，竭力用祺嫔制衡陵容。允礼、甄嬛二人携手北游，于山中撞见一遭毒蛇咬伤中毒的男子；甄嬛机智救助了该男子，通过男子的言语及手部特征等断定此人擅长拉弓射箭，应该是准噶尔人。男子仰慕甄嬛的聪明伶俐，对其印象深刻。剪秋无意中撞见齐妃偷偷来景仁宫探望三阿哥，并对儿子的前途野心勃勃，三阿哥也表示要努力当上皇帝，尊额娘为太后。皇后多年来一直用堕胎等手段残害皇嗣，并大力栽培弘时，就是为了日后成为唯一的皇太后，大权独揽。皇后得知后，决定将齐妃除掉。皇帝病愈后对后宫旧人失去了兴致，前往圆明园闲逛时，偶遇百骏园驯马女叶澜依，其桀骜不驯的独特气质，马上的飒爽英姿，像极了当年的华妃，皇帝被深深吸引，封其为答应，迁入宫中居住。叶澜依昔日身患重病，多亏果郡王相助才得活命，虽无法侍奉在侧却一直有爱慕之意，听说被皇帝看中，自然是五雷轰顶。