1第1话 三兄弟屹立于昙天
故事以明治时代为舞台，随着文明开化，使得日本进入前所未有的改革期。无法接受这些改变人便因此四处作乱，这些罪犯被捕后，全部都囚禁在琵琶湖的“狱门处”。故事以负责监狱摆渡人工作的“昙家三兄弟”为中心。未解之谜相互交错，随着一件件发生事故，将渐渐解开神秘的面纱。
2第2话 杀人鬼嘲笑昙天
犯人逃走事件结束的第二天，听闻通缉中的杀人鬼嘉神直人正往昙神社去的消息。现身於昙神社的嘉神，接近宙太郎希望他帮忙划船到狱门处。随后赶到的空丸便冒用天火之名和嘉神对峙。另一方面得知情报的安倍苍世也率领右大臣的直属部队“豺”出动。
3第3话 次男潜入监狱
空丸听见天火和牡丹的对话，便质问天火是怎么回事，然而天火却顾左右而言他。空丸为了找苍世传授他剑术，来到了豺的本部，苍世却说对他说：“即便愿意传授剑术，你又能提供什么做回报？”而回绝了空丸。此时豺的另一成员尸千狼向空丸提出了危险的交易…。
4第4话 风魔，隐于监狱
空丸变装成犯人潜入狱门处，并见到戴奇怪面具的男人…。见到神秘男子面貌后，空丸找回了遗忘的过去记忆，原来那个男人正是杀害双亲的凶手，两人正面对决，空丸反被对方掐住脖子晕过去。另一方面，为了救出空丸，金城白子来到琵琶湖畔，遇见豺的成员武田，两人一同前往狱门处…。
5第5话 天下，动摇不安
空丸受到白子与武田的帮助，好不容易从狱门处脱身。他带著苍世想要的情报，也就是进入狱门处之罪犯必须携带某样物品的情报，再度前往豺本部。透过检视确认情报属实无误，丸得意的接受苍世的剑术指导。另一方面，因身体不舒服卧病在床的天火，他的身体突然发生了变化…。
6第6话 太阳殒落于昙天
空丸和宙太郎买了晚饭材料回家，却得知天火因犯下狱门处爆炸案被警察带走。然而这不过是便於对外界解释而捏造出的理由，事实上天火是大蛇，也就是每三百年寄生于人类进而引起大灾难所必要的容器。知道天火独自一人背负大蛇与昙家的关系后，空丸与宙太郎便跑去追遭警察带走的天火。
7第7话 笑看泡沫
六百年前守护近江地区的佐佐木清纲、昙家当家昙景光，以及安倍家的式神牡丹，一起寻找将成为大蛇容器的男人。牡丹遭到不明黑衣人的追逐，碰巧被阴阳师名门安倍家族的安倍比良裹所搭救。击退黑衣人的比良裹突然跪在牡丹面前说“嫁给我当老婆”。以六百年前的琵琶湖为舞台，如泡沫般的故事。
8第8话 少年恸哭于雨天
天火行刑后已过了一星期，即便被认为是大蛇容器的人已行刑，但太阳的光芒却没有照耀大津的天空。失去天火的空丸和宙太郎在绝望之中，宙太郎说天火很快就会回家而一直等待着天火，空丸则是无法专心与着世练剑，苍世更对宙太郎说“现在的你无法做好昙家的工作”。
9第9话 后继者伫立于浑沌天空
宙太郎与应在狱门处的重刑犯嘉神相遇，从嘉神口中得知大蛇与其容器，以及天火是被国家杀害的事情。而被视为大蛇容器的天火在遭到行刑后，大津的天空依旧没有放晴，苍世由此事认为天火并非大蛇的容器。奉苍世之命进行调查的鹰峰，发现一座建筑物并进行监视，结果发现了…？！
10第10话 白色黑暗 倒向阴暗
在得知世上有保护大蛇容器的方法之存在时，白子的态度突然改变。让牡丹受重伤的白子，开始说出他侍奉昙家的理由，以及天火并非大蛇，真正的大蛇另有其人的真相。另一方面，空丸带着昙家的宝刀出现在豺本部苍世的面前，以十分惊恐的表情对苍世说“请杀了我”…。