1揭开新血战的序曲 豺狼之影逼近
幕府末期京都新撰组的高手齐藤一，在明治初年出现在东京了，现在他是警政署的警官，却也以暗杀为副业。剑心在京都时曾经几次和他交手，但都未分出胜负，可见他的武功与剑心在伯仲之间。而这次，齐藤被小人以重酬雇来来杀死剑心，因为对手是剑心，他也乐意接下这份差事。然而当他第一天去神谷道场找剑心时，恰巧剑心等人全出去了，只有一个来吃白饭的左之助坐在门口。左之助看出齐藤有异，一言不和就打起来了，却被齐藤打成重伤。事後剑心看了左之助的伤势，知道是齐藤干的，觉得十分不安，他怀疑自己如果坚持不开杀戒，是否能敌得过齐藤‧‧‧。
2史上最强的宿敌 以牙还牙的袭击
剑心的宿敌新撰组的第一杀手齐藤一，在十年後终於又找上剑心了。他看到现在的剑心已经不再杀人，以往的杀人剑只用来保护身边的人，使得他十分焦虑愤怒，决定逼剑心一比高下，趁剑心在对付赤木的时候，以警官的身分进驻道场等待剑心回来。剑心解决赤木回来後，看见化名藤田五郎的齐藤一正坐大厅里，马上警觉到事情不妙。然而剑心眼见这场打斗是无法避免，便叫好友们让开与齐藤对打，然而在第一回，剑心的飞天御剑流龙槌闪居然败在齐藤的「对空牙突」之下，并且受了伤‧‧‧。
3复仇的恶鬼 志志雄真实的谋略
齐藤一和绯村剑心在十年後终於又对上了。然而这十年来剑心已经成为一个不杀人的浪人，剑法也不若以前俐落，所以跟齐藤过招时，总是处於下风，还因此身受重伤。然而拔刀斋终归是拔刀斋，剑心在为了保护好友的情况下，终於被迫激出原本的杀手本能，出剑毫不留情，剑剑直逼对方要害，使得齐藤也没有占上风，一样受了重伤。就在最後一回合决定胜负时，内务大臣大久保赶到了，即使阻止了这一场无谓的争斗，因为齐藤是被大久保派来探测剑心现在的实力，准备请剑心走一趟京都，杀掉恶魔志志雄真实。剑心在知道真相後十分犹豫，然而周遭的好友都不让剑心去京都。无奈之下，大久保只得请剑心仔细考虑，下次再来听他的回覆。
4传递不出的心意 剑心踏上旅途
终於到了该给大久保大臣回覆的日子了。这一天剑心的好友们个个都非常紧张，深怕剑心会决定离开他们到京都去，小惠甚至准备了锁链想把剑心绑起来，真的绑不住的时候还准备灌他迷幻药。然而剑心依然出门去找大久保了。不料大久保在前往开会的途中，遭到了志志雄手下的暗杀，当场不治死亡。消息传来全国十分震惊，民众甚至开始恐慌起来，深怕政局会再度混乱，内战会再度发生。然而考虑到日本的未来，大久保的死使得剑心更下定决心走一趟京都，以铲除恶枭志志雄真实。剑心终於告别了神谷道场的夥伴们，以及心爱的小薰。
5迎向泪与勇气 神谷薰选择的道路
剑心不告而别，独自前往京都，只对小薰当面说了再见。剑心走後，小薰像失了魂般的茶不思饭不想，整日以泪洗面，连牛肉火锅店的阿妙和小燕带吃的来探望她，都还要受她的气，後来经过小惠和弥彦的开导，小薰终於化眼泪为勇气，准备前往京都寻找剑心。令一方面，左之助气剑心的不告而别，其实是担心剑心在京都可能需要帮忙，於是向好友月冈克浩借了盤缠，也随後往京都前去。唯有身为医生的小惠，因为有许多病患需要她照顾，只好忍泪留在东京，耐心等待剑心的归来。
6一定要夺下最强的封号 苍紫的新战斗
小薰和弥彦终於启程前往京都了，好友们都到河边送他们，希望他们早日把剑心劝回来。而提早出发的左之助，一边赶路一边练武功，把自己弄得心急如焚，最後还在山里迷路了，不知道京都到底在何方。另外复出的御庭番众头目四乃森仓紫，又找上了神谷道场，准备找剑心一决胜负摘下最强的头衔，谁知剑心已经在京都的路上，被在虎视眈眈的志志雄手下盯上了，先派人试探他的实力，然後准备收买他为志志雄卖命。一代豪杰仓紫原本不屑跟志志雄挂钩，可是想到死去的夥伴们，也准备走一趟京都和志志雄联手除掉剑心。
7沿路打劫的少女 卷町操的真正身分
剑心在京都的路上，遇见一位用美色沿路打劫的少女卷田操，虽然小操打劫的对象是盗匪，依然被剑心给劝阻，将劫来的银两原封送还失主，并且帮小操打退了那帮盗匪。小操也在回京都的路上，正好可以和剑心同行，但是剑心深知此趟京都之旅，随时都可能遭人袭击，拼命的想摆脱小操的跟随，偏偏小操和御庭番众有一段渊源，得知道剑心曾与他们交过手，苦苦追问御庭番众的下落，剑心迟迟不肯回答，不死心的小操於是更跟定了他。剑心无奈之下只好答应她的跟随，只要她假装不认识剑心，以免惹祸上身。
8被袭击的村子 志志雄的魔掌
剑心和少女小操一路往京都前进，沿途上小操不断设计想套剑心说出仓紫和御庭番众的事，奈何剑心守口如瓶硬是不肯说。接著两人来到了一个村外，发现村民三岛荣一郎浑身是血奄奄一息，手里还抱著弟弟荣次，由荣一郎的口中获知，整个村子已经被志志雄的手下所占据，而政府已经弃守这个村子，成了志志雄的领土，村民要是想脱逃就会被杀死，而志志雄现在也在村里。剑心帮荣次埋葬家人的屍体後，和随後赶到齐藤一起前去找志志雄，而志志雄听到风声，也已经有所准备。
9超越幕府末年 志志雄与剑心的对峙
志志雄真实终於让剑心和齐藤给找上了，并且说出他想称霸天下的志向，却无法得到剑心二人的支持，於是一场决斗在所难免。志志雄为了看清剑心招数，首先派出尖角来对付他，尖角是个大块头的人，力大无穷而且速度也十分神速。当剑心看出志志雄的伎俩後，故意不肯出招，只一味快速的跑给尖角追，跟他玩捉迷藏的游戏，後来尖角巨大的身体终於承受不了快速移动时，一转身变把自的脚扭断了。志志雄看了十分生气，放话要把尖角杀掉，剑心不忍，终於使出飞天御剑流龙翔闪，将尖角打伤在地，却也救了他一条命。
10剑心对抗宗次郎的天剑 冲击!逆刃刀断了
剑心打败尖角後，志志雄继而派出宗次郎挑战剑心，而宗次郎也是用剑高手，人称「天剑」宗次郎，也就是他暗杀了身手不凡大久保利通。可是外表稚气纯真的样子，甚至与人过招时也也没有半点杀气，使得剑心完全摸不透他，只得先发制人采取主动攻击。然而两人的决斗就在拔刀的瞬间‧‧‧
